2024年5月2日发(作者：)

Clustalx的中文使用说明书

生物

用ClustalX做多序列比对分析图示

1、打开程序 如下图所示：

2、Load Sequnce, 载入序列 如下图所示：

3、选择序列文件,FASTA格式的 如下图所示：

4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者

Ultraedit 如下图所示：

5、序列Load进去之后 如下图所示：

6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数 如下

图所示：

7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文

件,.aln的是序列比对结果,它们都是纯文本文件 如下图所示：

点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一

段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对

那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。。。

8、比对结束之后,我们可以看到这个结果 如下图所示：

9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器

打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析 如下

图所示：

10、这是.dnd文件(指导树) 如下图所示：

11、可以用Treeview打开dnd文件,看上去就像这样子 如下图所示

图3-15 ClustalX所识别的文件输入格式