sra

SRA-Tools (Sequence Read Archive Tools) 是一组用于处理美国国家生物技术信息中心 (NCBI) 的序列读取档案（Sequence Read Archive, SRA）数据的命令行工具。它包括了一系列实用程序，主要用于下载、转换和处理基因组测序数据。以下是一些常用的工具和功能：

  1. fastq-dump：将SRA格式的文件转换为常见的FASTQ格式，用于基因组序列的进一步分析。
  2. prefetch：用于从SRA数据库下载数据。
  3. fasterq-dump：是 fastq-dump 的改进版本，速度更快，通常用于高效地将SRA文件转换为FASTQ文件。
  4. vdb-validate：用于验证下载的SRA数据是否完整、无损。 因此工欲善其事必先利其器，再次学习一下。

conda的安装可以参考上一期推文：

安装流程

关于conda的镜像问题，选择其一设置即可

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制
#删除conda 镜像文件 (如果第一次配置则不需要)
rm  ~/.condarc 

# 添加北京外国语大学的镜像源
conda config --add channels / 
conda config --add channels / 
conda config --add channels / 
conda config --set show_channel_urls yes 

# 添加阿里云的镜像源
conda config --add channels 
conda config --add channels 
conda config --add channels 
conda config --add channels 
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加北京大学的镜像源
conda config --add channels /
conda config --add channels /
conda config --add channels /
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加清华大学的镜像源
conda config --add channels /
conda config --add channels /
conda config --add channels /
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加南方科技大学的镜像源
conda config --add channels /
conda config --add channels /
conda config --add channels /
conda config --set show_channel_urls yes

# 清理一下缓存
conda clean -i
1.代码安装sra-stool工具

如果能顺利安装就是好事，估计大部分的时候可能安装不上~

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制
# 安装前建议先创建环境哈！！
conda install -y sra-tools
2.网页安装sra-tools工具

复制这个Ubuntu linux 64 bit architecture的下载链接

下载软件

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制
# 一般会创建一个软件管理文件夹
# 然后cd过去
cd ./biosoft/
wget .1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz

解压缩软件

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制
tar -zxvf sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz

加载到环境

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制
echo "export PATH=/home/data/t200558/biosoft/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

# check一下
which fastq-dump

check一下fastq-dump是否存在hhh

参考资料：
  1. sra-tools: .-prefetch-and-fasterq-dump

注：若对内容有疑惑或者有发现明确错误的朋友，请联系后台(欢迎交流)。更多内容可关注公众号：生信方舟

- END -