2023年12月7日发(作者：)
vcf文件合并
1、vcf文件合并
（1）同样本vcf合并，这里的相同样本合并指的是不同的染色体，或者染色体区间。
使用方法 perl list
这里的list就是不同的染色体的vcf文件，如：
chr1:
chr1:
……
use strict;
use warnings;
open IN,"< $ARGV[0]" or die $!;
open OUT,'>:gzip',"$ARGV[1]" or die $!;
my $n=0;
while(
chomp;
my $line=$_;
if($line=~m/.gz/){
open VCF,"gunzip -dc $line | " or die $!;
}else{
open VCF,"< $line" or die $!;
}
$n++;
if($n==1){
while(
chomp;
print OUT "$_n";
}
}
if($n>1){
while(
chomp;
my @aa=split /t/;
next if($aa[0]=~/^#/);
print OUT "$_n";
}
}
}
close VCF;
close IN;
close OUT;
这里也可以使用zcat或者cat的模式，但是我觉得这样太麻烦了。需要将head行进行处理。
（2）不同样本vcf合并
主要是的软件就是bcftools和gatk。
一行简单的代码：
bcftools merge -Oz -o
这个软件使用起来较为麻烦，需要将原始的vcf转换为bgzip的压缩，之后再建立index，之后才能用于合并。
这里简单举一个例子，方便理解，如下
有两个文件，分别执行下面的命令：
gunzip
bgzip
tabix -p vcf
这样两个文件的tbi索引就建立好了，直接执行：
bcftools merge -Oz -o
容易出现的报错：vcf 没有进行排序就行进行index。必须是进行排序后的vcf才能进行。
除了使用bcftools，还可以使用gatk，但是gatk必须是4.0以下的版本才行。代码如下：
gatk -T CombineVariants -V -V -o -R
总结：这样相同样本合并和不同样本合并就都可以进行了，推荐使用GATK进行合并。
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