2023年12月11日发(作者：)

NCBISRA数据如何进行md5校验？

下了一些sra数据库中的公共数据，因为pretech和aspera不稳定，稍微大点的文件经常传断，部分文件我只能通过本地下载再上传。

那么问题来了，sra没有md5校验，我怎么知道我数据的完整性，尤其是通过本地下载的那些数据？

网上查了下是说，sra是自带md5校验的（

The SRA archive format ("vdb") contains an md5 checksum as well as a few other consistency checks (I think). The

sra-toolkit has a utility,

vdb-validate

which will report any errors in the data, and perform an md5 checksum comparison

），但我还是不放心。

同样是网上的方法。如果你保留了SRA文件，可以用以下命令来检查：

for i in `ls *.gz`;

do

SRR=${i%%_*};

echo $SRR >> ;

done

for j in `sort -u `

do

vdb-validate $j

done

如果你已经删掉了SRA文件，但生成了fastq文件，通过

fastq-dump --split-files --gzip SRR949210

方法得到的。那么，你可以尝试以下命令：

for i in `ls *`;

do

gunzip -t $i 2 > $

done

find . -name "*err" -type f -size +0c -exec -larth {} ;

#注意结尾反斜杠和分号不能少

#exec是个有用的命令。

你会得到一系列文件，若为空则无错。