2024年3月11日发(作者：)

使用VMD制作Movie

1. 首先可视化轨迹文件，把mdcrd文件load进VMD，先load进top文件，文件类

型选择amber7 parm, 然后load进mdcrd文件时，文件类型选择amber coordinate,

即可得到轨迹的变化文件。

注意：

 top文件和mdcrd文件必须对应（即无水的mdcrd对应无水的top文件）

 在去水的时候要去掉水盒子的周期性边界的信息，即

trajin **.mdcrd (带水及抗离子、MD结果文件)

strip :WAT

strip :Na

+

(or Cl

-

)

trajout ***.mdcrd nobox (新的不带水及抗衡离子)

一定要带上nobox这个关键词

2. 把background改为white

Graphics→Color Controls→Display→Background→white;

3. 改变图形的展示模式

1) Graphics Graphics→Graphical Representations; 在打开的对话框中改变

drawing method 和coloring method; 可以有不同的展示模式；

2) 在Trajectory中，改变Trajectory Smoothing Window Size的值可以改变残基运

动快慢；

3) Display的下拉菜单light 0, light 1, light 2, light 3前打勾；

4) 选择Display→Rendermode→GLSL；

4. 制作Movie

1) Extensions→Visualization→Movie Maker, 即打开了VMD Movie Generator对

话框，其中Movie settings选择Trajectory，Format选择MPEG-1，选定你要存储的目

录setting working directory，点击Make Movie即可，在指定的目录下产生许多*.bmp

文件。

2) 打开videomach，File→open media files, 打开*.文件，选择“open

entire sequence starting with the image”, 后file→save as，在打开的文件夹下选择

你要保存的目录和video format，点击start即可。