2024年4月10日发(作者：)

多重PCR引物设计的软件开发

目 录

第一章 引 言 ..................................................... 1

1.1 背景知识简介 ............................................... 1

1.1.1多重PCR引物设计简介 ................................... 1

1.1.2 遗传算法简介 ........................................... 2

1.2 相关文献综述 ................................................ 3

1.3 研究目的与成果 .............................................. 4

1.4 本章小结 .................................................... 4

第二章 问题分析 ................................................... 6

2.1 多重PCR引物设计问题的数学模型 .............................. 6

2.2 载体算法的选择 .............................................. 6

2.3 本章小结 .................................................... 7

第三章 相关生物学参数简介及其数学模型 ............................. 8

3.1 单个引物的约束参数 .......................................... 8

3.2 引物间的约束参数 ........................................... 11

3.3 本章小结 ................................................... 12

第四章 引物集评价体系 ............................................ 13

4.1 评价体系的数学模型 ......................................... 13

4.2 权值及其约束对象 ........................................... 14

4.3 本章小结 ................................................... 15

i

第五章 引物设计的遗传算法实现 .................................... 16

5.1 算法结构总览 ............................................... 16

5.2 引物设计问题在遗传算法中的数学表示 ......................... 16

5.3 初始化随机解集 ............................................. 17

5.4解的评估策略与双亲的选择 ................................... 17

5.5 交叉策略及交叉率的选择 ..................................... 18

5.6 变异策略及变异率的选择 ..................................... 19

5.7 收敛条件 ................................................... 20

5.8 本章小结 ................................................... 20

第六章 GAPrimer 简介 ............................................. 21

6.1 软件功能与特点概述 ......................................... 21

6.2 软件操作结构图 ............................................. 21

6.3 软件默认参表 ............................................... 22

6.4 本章小结 ................................................... 23

第七章 实验结果及数据分析 ........................................ 24

7.1 实验结果：三重PCR引物设计 ................................. 24

7.2 数据分析 ................................................... 24

7.3 本章小结 ................................................... 25

第八章 总结与展望 ................................................ 26

参 考 文 献 ....................................................... 27

附 录 ........................................................... 29

ii