2024年4月19日发(作者：)

空间转录组barcode的原理

空间转录组barcode技术是一种在转录组水平上区分不同细胞类型的

方法。通过添加一种独特的空间条形码，可以将不同来源的RNA分别

标记并整合在一个样品中，从而使得我们可以在单个样品中同时研究

多个细胞类型。这个方法旨在破解单细胞RNA测序数据的细胞组成信

息不充分，捕获数量不足等问题。

空间转录组barcode技术主要包括三个部分：固定、逆转录和扩增。

在固定步骤中，组织样本中的RNA分子与表示细胞位置的二维条形码

相相结合。

在逆转录步骤中，RNA的cDNA序列将被合成，并且此时条形码将作

为位于cDNA上的定位标记。这些标记会帮助我们确定扩增产物的来

源。在扩增步骤中，PCR扩增某个兴趣基因，包括附加了条形码的

cDNA，以及用于定量的Flipin和Flipout引物。

此外，对于独特的空间条码，我们还需要对其设计进行考虑。空间条

码应当具有较高的独特性，以确保在任何时候我们都可以准确地将每

个标记与其来源关联。这些条形码也必须足够短，以允许我们同时执

行其他目的，如用于低深度基因表达研究。

总的来说，空间转录组barcode技术是一种求解单细胞RNA测序数

据中缺乏细胞类型表达的前沿技术。它可以同时考虑多个来源，并且

更多地了解细胞间的差异。