2024年4月20日发(作者：)

1、（平台：Fedora10，gcc 版本为4.3.2）

安装 Rosetta 需要另外一个名为 scons 的软件，到

下载 rpm 包，在根口令下安装（输入：rpm -ivh 软件包名称）

进入 /，点击 software,在 Download

Rosetta Software 下方点击 Academic Users Logon （事先注册好非商业性邮箱得

到帐号与

密码，我注册的是雅虎邮箱，下载的版本是 3.1，rosetta3.1_Bundles软件包）；

进入 rosetta_source 目录下，输入：scons bin mode=release，即开始安装

更多相关信息参考安装手册：

/manuals/archive/rosetta3.1_user_guide/（特

别要注意

linux 及gcc版本问题）

2、运行： cd rosetta_source

cd bin

将准备好的 pdb 文件（示例：）和2个碎片文件放在 Bin 目录下（碎片文

件用来组装蛋白质的文件，可以由Rosetta的碎片库产生，也可以自己创建。碎片库是

Rosetta 从头预测的核心，碎片用来组装蛋白质，Rosetta 中碎片文件的基本格式是：

{series}{pdb}{chain}{size}_{strategy}.{depth}_{version}

./ccrelease @flags -database

'/home/yaoda/rosetta3.1_Bundles_FILES/rosetta_database'

(这是 rosetta 中命令的基本格式)

flags:（Flag file 的作用是将要执行的命令参数集中到一个文件中，那么输入的时候

就只

需要一个命令行就行，flags 文件也需要复制在 bin 目录下）

-in:file:native inputs/（输入的原始文件）

-in:file:frag3 inputs/aa1l2yA03_05.200_v1_3（3 个残基长度的碎片文件）

-in:file:frag9 inputs/aa1l2yA09_05.200_v1_3（9 个残基长度的碎片文件）

-out:nstruct 1（每次输入的 pdb 文件数）

-out:file:silent 1l2y_（默认输出的文件名称）

-no_prof_info_in_silentout

-mute se

然后终端中显示整个预测过程：

预测完毕，产生 2个文件：

1）1l2y_：内容如下（包含很多结构信息）

SEQUENCE: NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS

SCORE: score vdw cenpack pair env cbeta rg hs_pair ss_pair rsigma

sheet rms maxsub clashes_total clashes_bb description

SCORE: 19.207 0.207 -7.272 -2.443 -0.562 6.940 23.449 0.000 -1.365 -0.977

1.232 5.479 15.000 0.000 0.000 S_00000001

ANNOTATED_SEQUENCE:

从左到右依次是：

残基序列号 二级结构 Phi Psi Omega Ca-x y z

1 E -163.878 158.811 173.187 1.458 0.000 0.000 S_00000001

2 E -115.316 109.518 -179.124 3.954 2.843 0.346 S_00000001

3 E -118.431 162.412 172.839 6.093 3.394 -2.749 S_00000001

4 E -90.526 114.960 -173.298 8.367 6.146 -4.047 S_00000001

5 E -101.333 123.803 175.454 6.598 7.842 -6.950 S_00000001

6 E -76.432 123.783 -177.749 8.518 9.705 -9.650 S_00000001

7 L -65.809 -36.420 -177.194 6.788 12.988 -10.476 S_00000001

2）（fullatom score）：内容如下

SEQUENCE: NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS

SCORE: score vdw cenpack pair env cbeta rg hs_pair ss_pair rsigma

sheet rms maxsub clashes_total clashes_bb description

SCORE: 19.207 0.207 -7.272 -2.443 -0.562 6.940 23.449 0.000 -1.365 -0.977

1.232 5.479 15.000 0.000 0.000 S_00000001