2024年4月27日发(作者：)

DNA序列分析软件介绍

Antheprot:蛋白质序列分析软件包ANTHEPROT 4.5是位于法国的蛋白质生物与

化学研究院(Institute of Biology and Chemistry of Proteins)用十多年时间开

发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功

能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预

测。更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟

出未知蛋白的高级结构。

Applied Biosystems Primer Express:这是ABI公司销售附送的软件，可用于

设计引物和探针，尤其适用于荧光PCR探针的设计，可以精确计算寡核苷酸与荧光

基团鳌合后的Tm值。可以预测引物与引物之间与模板之间等的二级结构。

Artemis R5:A DNA sequence viewer and annotation tools，一个DNA序列

查看器与注释工具，可以以图形形式查看序列的各种分析结果与特性，程序读取

EMBL与GENBANK格式的序列与纯DNA序列。以Java写成，需要安装JRE1.2。

BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。

功能包括:序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000

个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制等等。

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA

数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性

序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST对一条或多

条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。

BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。

BLAST是基于Altschul等人在上发表的方法

(.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工

作。从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也

考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多

个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据

库。所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到

蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。 1、BLASTP是

蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序

列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列

(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白)，再对每一条作一对一的蛋白序列比

对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都

将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中

的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和

所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列)，这样每

次比对会产生36种比对阵列。

Clone:与primer同属一类软件，软件，绿色，无需安装。可进行酶切图谱分

析，质粒描绘。

Clustal X 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较(multiple sequence

alignment)的软件。多序列比较在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序

列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，

确定PCR引物，以及在分子 进化分析方面均有很大帮助，Clustal X很适合这些

方面的要求。