2024年4月28日发(作者：)

< >内为需要输入的内容，但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes >的提示下才

能输入。

文件格式：

文件输入，输入格式为Nexus file（ASCII，a simple text file，如图）：

或者还有其他信息：

interleave=yes 代表数据矩阵为交叉序列interleaved sequences

nexus文件可由MacClade或者Mesquite生成。但Mrbayes并不支持the full Nexus

standard。

同时，Mrbayes象其它许多系统软件一样允许模糊特点，如：如果一个特点有两个状

态2、3，可以表示为：(23)，(2,3)，{23}或者{2,3}。但除了DNA{A, C, G, T, R, Y, M, K,S,

W, H, B, V, D, N}、RNA{A, C, G, U, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N}、Protein {A, R, N, D,

C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V, X}、二进制数据{0, 1}、标准数据（形态学数据）

{0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 5, 7, 8, 9}外，并不支持其他数据或者符号形式。

执行文件：

execute 或缩写exe ，注意：文件必须在程序所在的文件

夹（或者指明文件具体路径），文件名中不能含有空格，如果执行成功，执行窗口会自动输

出文件的简单信息。

选定模型：

通常至少需要两个命令，lset和prset，lset用于定义模型的结构，prset用于定义模

型参数的先验概率分布。在进行分析之前可以执行showmodel命令检查当前矩阵模型的

设置。或者执行help lset检查默认设置（如图）：

略

Nucmodel用于指定DNA模型的一般类型。我们通常选取标准的核苷酸替代模型

nucleotide substitution model，即默认选项4by4。另外，Doublet选项用于paired stem

regions of ribosomal DNA的分析，Codon选项用于DNA sequence in terms of its

codons的分析。

替代模型的一般结构一般由Nst设置决定。默认状态下，所有的置换比率相同，对应

于F81模型（JC model）。一般我们选用GTR模型，即nst=6。

Code设置只有在DNA模型设置为codon的情况下才使用。Ploidy设置也与我们无

关。

Rates通常设置为invgamma (gamma-shaped rate variation with a proportion