2024年6月2日发(作者:)
ubuntu 10.04 install vasp
序列号 VMH9-R8WGNLGW
libstdc++
libstdc++5
glibc
libgcc
一 安装基本编译环境
sudo apt-get install build-essential
sudo aptitude install build-essential
sudo apt-get install rpm
sudo apt-get install gawk
安装libstdc++5
对于64位系统 要求安装32位的库 这个时候我们在第一步加入
sudo apt-get install ia32-libs
详细过程/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-with-ubuntu/
解压32位的 libstdc++5 然后 cp libstdc++.so.5.0.7 /usr/lib32
cd /usr/lib32
ln -s libstdc++.so.5.0.7 libstdc++.so.5
apt-get install openjdk-6-jre-headless
二. Intel® Fortran Compiler for Linux, 这里我使用的是 10.1.018 版;
1. 解压安装(为了清理方便,解压后都在/tmp目录下)
user@~$ tar -xvf l_fc_p_ -C /tmp/
user@~$ cd /tmp/l_fc_p_10.1.018/
2. 运行安装脚本
user@/tmp/l_fc_p_10.1.018$ sudo ./
sudo vi /etc/profile 在Unmask后面加上source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ ia32
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/tools/environment/
输入 :
输入“wq” (保存并退出的意思)
enter
设置环境变量
sudo vi .bashrc
不方便编辑可以使用
sudo gedit .bashrc
alias rm='rm -i'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'
PATH="$PATH:/usr/local/bin" (后面安装mpich的路径)
# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi
export
LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/Compiler/11.1/072/lib/intel64:/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/li
b/em64t
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/Compiler/11.1/072/lib/intel64
三,安装mpich
./configure -prefix=/usr/local/mpich_nodvdbg _fc="pgf77 -Mx,119,0x200000" _f90="pgf90 "
--without-romio --without-mpe _opt=-O
1、解压缩
#tar -zxvf
或者 #gunzip -c |tar xf
2、创建安装目录
#mkdir /usr/mpich
3、进入mpich2解压目录
#cd mpich2-1.0.1
4、编译
#make
6、安装
#make install
四 安装
解压
进入目录
cp _ifc_P4 Makefile
修改Makefile 中FC=ifc 为FC=ifort
make
如果在此过程过错什么东西找不到的话。说明安装的gcc或者g++的一些东西没装好 用新
立得软件包管理器搜索这两个程序,把所有前面有红圈标记的都标记以便安装然后应用,关
闭后再重新编译即可
五编译vasp.5.2
串行编译
解压
进入目录
cp _ifc_P4 Makefile
修改Makefile 中FC=ifc 为FC=ifort
修改BLAS
改124
BLAS=-L/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/lib/32的路径改成自己安装的文件的路径,后面跟上
-lmkl_intel - lmkl_sequential -lmkl_core -lguide -lpthread
改完后应该是这样子的
BLAS=-L/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/lib/em64t -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core
-lguide -lpthread (这是我自己的配置)(如果不改很有可能提示:ld: cannot find -lmkl)
改129行
BLAS= /opt/libs/libgoto/
为#BLAS= /opt/libs/libgoto/(前面叫#,注释)
make就可以了(make成功以后在vasp.5.2文件夹里把vasp命令复制粘贴到bin下)
并行编译
解压
进入目录
cp _ifc_P4 Makefile
先按串行的修改然
然后在
53,55,行
#FC=ifort
# fortran linker
#FCL=$(FC)
83 84 85 行
CPP = $(CPP_) -DHOST="LinuxIFC"
-Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGXhalf
-DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV
139 140 141 行
LIB = -L../ -ldmy
..//linpack_double.o $(LAPACK)
$(BLAS)
152 行
FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o
各行加上“#”注释掉
进入mpi部分
去掉一下行首“#”
171 172行
FC=mpif90(把mpif77该90)
FCL=$(FC)
181 182 183行
CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST="LinuxIFC" -DIFC
-Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf
-DMPI_BLOCK=8000
203 204 205 行
LIB = -L../ -ldmy
..//linpack_double.o $(LAPACK)
$(SCA) $(BLAS)
208行
FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o
保存之后make就行了
mpif90 -FR -lowercase -assume byterecl -ftz -O3 -c base.f90
f95: byterecl: No such file or directory
f951: error: unrecognized command line option "-assume"
f951: error: unrecognized command line option "-ftz"
make: *** [base.o] Error 1
改mpif90 用 mpiifort 或者mpif90-vt 就可以了
half -DMPI_BLOCK=8000
mpiifort -FR -lowercase -assume byterecl -O3 -ip -ftz -c fftmpiw.f90
fftmpiw.f90(59): error #5102: Cannot open include file 'fftw3.f'
include 'fftw3.f'
--------------^
fftmpiw.f90(101): error #5102: Cannot open include file 'fftw3.f'
include 'fftw3.f'
--------------^
fftmpiw.f90(122): error #5102: Cannot open include file 'fftw3.f'
include 'fftw3.f'
--------------^
fftmpiw.f90(237): error #5102: Cannot open include file 'fftw3.f'
include 'fftw3.f'
--------------^
compilation aborted for fftmpiw.f90 (code 1)
make: *** [fftmpiw.o] Error 1
把文件考入vasp编译中
cp /hptc_cluster3/application/math/fftw/3.3/icc_ifort/include/* ../vasp.5.2/


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