2024年6月2日发(作者:)

ubuntu 10.04 install vasp

序列号 VMH9-R8WGNLGW

libstdc++

libstdc++5

glibc

libgcc

一 安装基本编译环境

sudo apt-get install build-essential

sudo aptitude install build-essential

sudo apt-get install rpm

sudo apt-get install gawk

安装libstdc++5

对于64位系统 要求安装32位的库 这个时候我们在第一步加入

sudo apt-get install ia32-libs

详细过程/en-us/articles/using-intel-compilers-for-linux-with-ubuntu/

解压32位的 libstdc++5 然后 cp libstdc++.so.5.0.7 /usr/lib32

cd /usr/lib32

ln -s libstdc++.so.5.0.7 libstdc++.so.5

apt-get install openjdk-6-jre-headless

二. Intel® Fortran Compiler for Linux, 这里我使用的是 10.1.018 版;

1. 解压安装(为了清理方便,解压后都在/tmp目录下)

user@~$ tar -xvf l_fc_p_ -C /tmp/

user@~$ cd /tmp/l_fc_p_10.1.018/

2. 运行安装脚本

user@/tmp/l_fc_p_10.1.018$ sudo ./

sudo vi /etc/profile 在Unmask后面加上source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ ia32

source /opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/tools/environment/

输入 :

输入“wq” (保存并退出的意思)

enter

设置环境变量

sudo vi .bashrc

不方便编辑可以使用

sudo gedit .bashrc

alias rm='rm -i'

alias cp='cp -i'

alias mv='mv -i'

PATH="$PATH:/usr/local/bin" (后面安装mpich的路径)

# Source global definitions

if [ -f /etc/bashrc ]; then

. /etc/bashrc

fi

export

LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/Compiler/11.1/072/lib/intel64:/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/li

b/em64t

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/Compiler/11.1/072/lib/intel64

三,安装mpich

./configure -prefix=/usr/local/mpich_nodvdbg _fc="pgf77 -Mx,119,0x200000" _f90="pgf90 "

--without-romio --without-mpe _opt=-O

1、解压缩

#tar -zxvf

或者 #gunzip -c |tar xf

2、创建安装目录

#mkdir /usr/mpich

3、进入mpich2解压目录

#cd mpich2-1.0.1

4、编译

#make

6、安装

#make install

四 安装

解压

进入目录

cp _ifc_P4 Makefile

修改Makefile 中FC=ifc 为FC=ifort

make

如果在此过程过错什么东西找不到的话。说明安装的gcc或者g++的一些东西没装好 用新

立得软件包管理器搜索这两个程序,把所有前面有红圈标记的都标记以便安装然后应用,关

闭后再重新编译即可

五编译vasp.5.2

串行编译

解压

进入目录

cp _ifc_P4 Makefile

修改Makefile 中FC=ifc 为FC=ifort

修改BLAS

改124

BLAS=-L/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/lib/32的路径改成自己安装的文件的路径,后面跟上

-lmkl_intel - lmkl_sequential -lmkl_core -lguide -lpthread

改完后应该是这样子的

BLAS=-L/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/lib/em64t -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core

-lguide -lpthread (这是我自己的配置)(如果不改很有可能提示:ld: cannot find -lmkl)

改129行

BLAS= /opt/libs/libgoto/

为#BLAS= /opt/libs/libgoto/(前面叫#,注释)

make就可以了(make成功以后在vasp.5.2文件夹里把vasp命令复制粘贴到bin下)

并行编译

解压

进入目录

cp _ifc_P4 Makefile

先按串行的修改然

然后在

53,55,行

#FC=ifort

# fortran linker

#FCL=$(FC)

83 84 85 行

CPP = $(CPP_) -DHOST="LinuxIFC"

-Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGXhalf

-DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV

139 140 141 行

LIB = -L../ -ldmy

..//linpack_double.o $(LAPACK)

$(BLAS)

152 行

FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o

各行加上“#”注释掉

进入mpi部分

去掉一下行首“#”

171 172行

FC=mpif90(把mpif77该90)

FCL=$(FC)

181 182 183行

CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST="LinuxIFC" -DIFC

-Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf

-DMPI_BLOCK=8000

203 204 205 行

LIB = -L../ -ldmy

..//linpack_double.o $(LAPACK)

$(SCA) $(BLAS)

208行

FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o

保存之后make就行了

mpif90 -FR -lowercase -assume byterecl -ftz -O3 -c base.f90

f95: byterecl: No such file or directory

f951: error: unrecognized command line option "-assume"

f951: error: unrecognized command line option "-ftz"

make: *** [base.o] Error 1

改mpif90 用 mpiifort 或者mpif90-vt 就可以了

half -DMPI_BLOCK=8000

mpiifort -FR -lowercase -assume byterecl -O3 -ip -ftz -c fftmpiw.f90

fftmpiw.f90(59): error #5102: Cannot open include file 'fftw3.f'

include 'fftw3.f'

--------------^

fftmpiw.f90(101): error #5102: Cannot open include file 'fftw3.f'

include 'fftw3.f'

--------------^

fftmpiw.f90(122): error #5102: Cannot open include file 'fftw3.f'

include 'fftw3.f'

--------------^

fftmpiw.f90(237): error #5102: Cannot open include file 'fftw3.f'

include 'fftw3.f'

--------------^

compilation aborted for fftmpiw.f90 (code 1)

make: *** [fftmpiw.o] Error 1

把文件考入vasp编译中

cp /hptc_cluster3/application/math/fftw/3.3/icc_ifort/include/* ../vasp.5.2/