2024年6月11日发(作者:)

好久没更新了,这里都长草了。。。

总结下Eutils的用法,参考《E-utilities Quick Start》,没时间看英文的可以参考下。

简介

Eutils全称是The Entrez Programming Utilities (E-utilities),是由八个服务器端程序组成的一套编

程工具,它提供用于访问NCBI Entrez查询和数据库系统的稳定接口。 这八个工具包括Einfo、ESearch、

EPost、ESummary、EFetch、ELink、EGQuery、ESpell(详见表1)。通过这些工具,你可以访问

NCBI Entrez所包含的序列、三维结构、文献等所有38个数据库。

表1. 八种Eutils工具

Eutils Name Entry Required Parameters

Optional Parameters

db

Return Format

EInfo

ESearch

xml

xml

db

term

usehistory

WebEnv

query_key

retstart

retmax

rettype

field

datetype

reldate

mindate, maxdate

EPost

db

id

WebEnv

QueryKey

retstart

retmax

version

xml

ESummary

db

id

WebEnv

query_key

xml

EFetch

db

id

WebEnv

query_key

retmode

retstart

retmax

rettype

strand

seq_start

seq_stop

complexity

xml/text/asn

(详情见表2)

ELink

db

dbfrom

cmd

id

WebEnv

query_key

linkname

term

holding

datetype

reldate

mindate, maxdate

xml

EGQuery

ESpell

term

db

term

xml

xml

访问地址

Eutils工具使用固定URL地址的形式进行访问,每个工具都有一个固定的访问地址BaseURL,都以

EutilsURL开始。

EutilsURL:/entrez/eutils/

如:EInfo 的访问地址为:

/entrez/eutils/

即:BaseURL=EutilsURL + Entry(一个以工具名称命名的Fasta CGI 文件,扩展名为fcgi。什么是

Fasta CGI?。。。其实我也不了解)

使用限制