2024年6月11日发(作者:)
好久没更新了,这里都长草了。。。
总结下Eutils的用法,参考《E-utilities Quick Start》,没时间看英文的可以参考下。
简介
Eutils全称是The Entrez Programming Utilities (E-utilities),是由八个服务器端程序组成的一套编
程工具,它提供用于访问NCBI Entrez查询和数据库系统的稳定接口。 这八个工具包括Einfo、ESearch、
EPost、ESummary、EFetch、ELink、EGQuery、ESpell(详见表1)。通过这些工具,你可以访问
NCBI Entrez所包含的序列、三维结构、文献等所有38个数据库。
表1. 八种Eutils工具
Eutils Name Entry Required Parameters
Optional Parameters
db
Return Format
EInfo
ESearch
xml
xml
db
term
usehistory
WebEnv
query_key
retstart
retmax
rettype
field
datetype
reldate
mindate, maxdate
EPost
db
id
WebEnv
QueryKey
retstart
retmax
version
xml
ESummary
db
id
WebEnv
query_key
xml
EFetch
db
id
WebEnv
query_key
retmode
retstart
retmax
rettype
strand
seq_start
seq_stop
complexity
xml/text/asn
(详情见表2)
ELink
db
dbfrom
cmd
id
WebEnv
query_key
linkname
term
holding
datetype
reldate
mindate, maxdate
xml
EGQuery
ESpell
term
db
term
xml
xml
访问地址
Eutils工具使用固定URL地址的形式进行访问,每个工具都有一个固定的访问地址BaseURL,都以
EutilsURL开始。
EutilsURL:/entrez/eutils/
如:EInfo 的访问地址为:
/entrez/eutils/
即:BaseURL=EutilsURL + Entry(一个以工具名称命名的Fasta CGI 文件,扩展名为fcgi。什么是
Fasta CGI?。。。其实我也不了解)
使用限制


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