2024年4月6日发(作者：)

ExPasy功能简介

2005-5-12 15:08:40 来源：互联网

作为进入其他生命科学网络资源的门户的ExPasy网上的海量信息已经给生物学家创造了很多便

利的条件,同时也不免让人陷入不知从何开始的困惑。一般来说，生物学家最迫切的问题之一就是

如何把不同网站上提供的最新的信息和陈旧的信息,低质量的数据区分开来；为了解决这些问题，

ExPasy收集大量的信息。为生物学家提供下面一系列的工具和链接来解决信息时代的困惑。

Amos' WWW 网站(/)

超过1000以上的生命科学网络资源,更新得很快,针对不同的特定领域组织成不同的分类.

WORLD-2DPAGE(/ch2d/)

所有已知的二维凝胶电泳网络数据库服务器的列表及其相关的服务.

BioHunt(/BioHunt)

提供一个在互联网上检索分子生物学数据的服务.

2DHunt(/ch2d/2Dhunt)

二维凝胶电泳相关站点的专门索引

其他一些有用的ExPasy特性

Biochemical Pathways(/tools/pathways)

是Boehringer Mannheim的"生物化学途径"的一个有索引,数字化,可以点击的版本.

允许用户检索图形化表示的代谢途径,可以直接连接到ENZYME数据库上.

DeepView(Swiss-Pdbviewer)(/spdbv)

一个可以在Windows,Mac OS,SGI 和Linux多平台下运行的程序,提供了很多的选项用于观

察和操纵蛋白质结构.也可以用作基于web的服务程序，用来显示PDB格式的序列.

Swiss-Pdbviewer可以作为SWISS-MODEL同源建模工具的补充.

2-D PAGE(/ch2d)

关于2D PAGE的信息收集,包括实验原型的详细描述,并提供一个2D凝胶浏览器下载.

Protein Spotlight(/proteinspotlight)

关于一些热点研究的蛋白质或蛋白质组的周期性综述.

Swiss-Quiz(/swiss-quiz)

如果你答对了一个分子生物学的问题,你就有可能得到一块真的瑞士巧克力.

ExPasyBar()

一个有用的导航条,可以链接到绝大多数重要的ExPasy 数据库和工具.可以作为免费的

Mozilla浏览器()的插件,可以从这个地址()下

载.

镜像站点

ExPasy的镜像站点均从位于日内瓦的ExPasy服务器上完全拷贝了所有的信息资源,也同样

的定期进行更新.这有利于那些不能连接到瑞士ExPasy服务器或者连接速度很慢的用户访

问当地的ExPasy服务.截至目前,一共有8个镜像站点

澳大利亚

玻利维亚

巴西

加拿大

中国大陆

韩国

台湾

美国

如何引用ExPasy

如果你想在出版物中引用ExPasy,请使用下面的格式:

Gasteiger E., Gattiker A.,Hoogland C.,Ivanyi L.,Appel R.D.,Bairoch A.

ExPasy: the proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis:Nucleic Acids

Res.

31:3784-3788(2003)

数据库

ExPasy 是个数据库的集合,主要专注的领域是蛋白质分子和蛋白质组学.Swiss-Prot知

识库是一个经过人工验证的蛋白质序列数据库.致力于提供高质量的注释,最少的冗余,以及

和其他数据库的高度集成.TrEMBL是对Swiss-Prot的补充,EMBL中没集成进Swiss-Prot数

据库的所有序列都经过计算机进行注释并集成进-Prot和TrEMBL由SIB(瑞

士生物信息学研究所)和EBI(欧洲分子生物学研究所)共同维护.目前,Swiss-Prot,TrEMBL和

PIR数据库已经联合起来组成了Universal Protein Knowledgebase(UniProt)联盟

PROSITE(/prosite)

是个蛋白质结构域和蛋白质家族数据库,含有生物学上显著的位点(site),模式(pattern)和模体

(profile),可用于鉴定一个未知的蛋白质序列属于哪一个已知的蛋白质家族.

SWISS-2DPAGE(/ch2d)

是由双向聚丙稀酰胺凝胶电泳鉴别的蛋白质数据库.数据来源于很多不同的样本,例如人,鼠,

枯草杆菌,大肠杆菌,酵母等.

ENZYME(/enzyme)

是一个与酶命名的有关信息的集合

SWISS-MODEL(/repository)

SWISS-MODEL库是个结构蛋白模型的数据库,使用同源建模方法自动产生.

下载服务

所有的ExPasy 数据库, 数据, 和相关的文档都可以从ExPasy 的ftp 匿名下载

(ftp://)此外,下载Swiss-Prot和TrEMBL数据库的不同选项,包括不同的子单元

发行间隔时间和数据格式在/sprot/ 都有文档记录

软件和工具

ExPasy工具页(/tools)里面有很多有用的序列分析和蛋白质分析工具

的链接.其中一些工具由ExPasy团队开发,其他的则指向世界上的其他服务网站.

序列和分析工具

BLAST

提供非常快的序列搜索,可用于蛋白质核酸的序列搜索.

ExPasy BLAST服务由EMBnet的瑞士节点维护.BLAST的原始输出经过扩展.

ScanProsite

使用一个序列来检索在所有在PROSITE 数据库中的模式(pattern),模体(profile)和规则

(rule).或者反之,用PROSITE 数据库中的模式(pattern),模体(profile)和规则(rule)来检索

Swiss-Prot,TrEMBL和/或PDB数据库中对应的序列

SWISS-MODEL

一个自动的蛋白质建模服务,如果一个3维结构未知的蛋白质的序列和已知三维结构的蛋白

质的序列有很近的相似关系,那么就可以使用这个工具来构建这个蛋白的3维模型.

ProtParam

计算一个蛋白质序列的理化参数例如氨基酸残基位置,等电点,原子位置等等.

ProtScale

根据一个蛋白质序列上的任何氨基酸的scale来计算和表示一个蛋白质的的模体(profile).

一个amino acid scale 定义是为每种氨基酸赋的一个数值,最常用的scale是疏水或者亲水

性,或者二级结构构像参数等等.目前有50个可用的scale .

RandSeq

产生一个随机的蛋白质序列,基于用户指定的氨基酸位置和序列长度.

Myristoylator

用神经网络的方法预测蛋白质N端的myristoylation

Sulfinator

在蛋白质的序列内预测酪氨酸的硫化位点

Translate

使用6个读码框把核酸序列翻译成蛋白质序列

蛋白质组学工具

AACompIdent

通过蛋白质的氨基酸成分来鉴别一个蛋白质

AACompSim

给定一个Swiss-Prot的序列,查询得到有最高的相似度的序列

Compute PI/MW

计算用户输入的序列或者Swiss-Prot或者TrEMBL数据库中序列的等电点和分子量

FindMod

预测潜在的蛋白质翻译后修饰和蛋白质中潜在的单氨基酸替换.

FindPept

综合分子量的信息、化学修饰，翻译后修饰等其他信息共同来鉴定蛋白

GlycanMass

计算oligosaccharide结构的mass

GlycoMod

预测可能的oligosaccharide结构.

PeptideCutter

预测给定蛋白序的蛋白酶剪切位点和化学剪切位点

PepIndent ,tagIndent, MultiIndent

使用很多不同的实验信息来鉴定一个蛋白质,例如等电点,分子量,氨基酸组成,部分序列标记,

和肽的质谱数据.(peptide mass fingerprinting data)

参考:

*EMBnet- European Molecular Biology Network是一个主要位于欧洲的生物信息学服务支

持网络. 提供培训课程和其他对于生物信息软件用户的服务. 网址是