2024年4月28日发(作者：)

贝叶斯（

MrBayes

）构建系统发育树详细教程

贝叶斯建树软件需要载入经

Alignment

后的

Nexus

格式的文件（即，把准备

好的建树序列用

Mega

软件进行

alignment

，然后保存成

nexus

格式，即可载入建

树软件）。详细操作流程如下：

1.

先把序列整理到同一个

Fasta

格式的文件里（即，把所有建树序列放到一起，

最后重命名为

“.fasta”

格式或

“.fas”

格式。注意如果你打算选择一条序列作为系

统树的根，那么就把这条序列放到第一个位置或最后的位置；如果你打算将

至少两条序列作为根，那么可以将这几条根序列都放到最前面或最后面，当

后续建树完成后，用软件打开系统树后再将这几条序列重置为根）。

2.

使用

Mega

软件进行序列

alignment

处理（即，先把刚才整理的

fasta

格式的

序列文件载入到

Mega

软件，再依次点击

Alignment-Alignbymuscle

或

Align

byclustalW

）。

ent

操作完成后，依次点击工具栏中的

“Data-Exportalignment”

，然后选

择

“NEXUS/PAUPFormat”

，这样就保存成

Nexus

格式的文件了。

4.

安装

MrBayes

软件。

5.

安装完成后，双击

“mrbayes_”

打开

MrBayes

软件，界面见下图。

6.

下一步是将

nexus

文件用该软件载入，具体操作是输入

“”

切

记这里使用的演示文件名为

“”

，大家在操作时要换成自己的建树文

件名。

7.

如果在载入

nexus

时出现报错无法载入的现象，如下图的提示，这说明你需

要将

nexus

的建树文件与

MrBayes

建树软件放到同一个文件夹，不然是无法

载入的。

8.

当发现把建树的

nexus

文件与

MrBayes

建树软件放到同一个文件夹后，再输

入

“”

又出现如下图的错误时。参照如下步骤解决。