2024年4月30日发(作者：)

Mrbayes

命令-大步骤：

Execute

Lset

Pset

Mcmc

Sump

Sumt

Help +____

各论：

Lset命令参数

JC69/F81 nst=1

K80/HKY85 nst=2

GTR nst=6

+gamma rates=gamma

+I （^%$@*nvarable site?） rates=propinv

+I+gamma rates=invgamma

Eg.

GTR+gamma

Lset nst=6 rates=gamma

HKY85

Lset nst=2 rates=equal

Prset 命令参数

实例

# 不同文件夹运行两次？？

Execute #运行文件

Set p=1

Lset nst=2 rates=gamma #选择模型

Showmodel

Mcmcp ngen=100000 nruns=1 nchains=2 #运行代数；运行次数；同时运行个

数。#看计算机的计算能力了#1000000

Sump #输出结果 #burnin=ngen/freq*0.25

Sumt

实战：

修改nex文件

Execute

Lset nst=6 rates=invgamma #GTR+I+gamma

Set autoclose=yes

Mcmcp ngen=1000000 printfreq=100000 samplefreq=200 nchains=2

nruns=1 filename=lihu #

Mcmc

Sumt filename=lihu burnin=1000 #约等于burnin=ngen/freq*0.25