2023年12月7日发(作者：)

用bcftools将多个vcf文件合并成一个vcf文件或将多个vcf和合并

成的vcf文件拆。。。

1. 软件的安装

a. bcftools 的安装

2. 合并

第一步：

用bgzip将所有的vcf文件压缩

bgzip -c -f f_nist_1_ > f_nist_1_

第二步：

用bcftools 对每一个压缩好的vcf文件建立index

bcftools index f_nist_1_

第三步：

用bcftools将压缩好的所有vcf文件进行合并

bcftools merge fc_nist_1_ fc_nist_1_ fc_nist_1_ fc_nist_1_ fc_nist_2_ fc_nist_2_

fc_nist_2_ fc_nist_2_ -Oz -o

任务完成，得到最后合并好的vcf文件。

bcftools文件的一些使用方法：

bgzip的使用方法参考网址：

拆分成单个样本的vcf文件：

1、下载安装。

2、准备样本ID文件，这里命名为，一个样本一行，如下所示：

sample1

sample2

sample3

3、输入命令：

bcftools view -S /1000genomes/3_shapeit2_mvncall_integrated_ -Ov > samplelist_