2024年1月29日发(作者：)

用XP程序画单晶结构以及晶胞堆积图

一、画单晶结构以及无中断画晶胞堆积图：

1．将后缀为res的文件（比如为）复制到硬盘根目录下（比如E：盘）

2．启动单晶分析软件XP

3．XP>>read e: 50710c 

4．XP>>fmol 

5．XP>> kill $q ：删除溶剂分子以及不需要的氢原子等。

6．XP》undo ：删除不需要的化学键，原子编号之间用空格间隔开。如删除硝酸根与金属相连的配位键输入undoLa1 N6 La1 N7。

7．XP>>proj 

出现画图框，你可以按右上的按钮旋转或显示所有的原子。将分子结构旋转到适当位置，也就是旋转的尽可能使每个原子都不被挡住。当旋转到适当位置后按右上角的exit退出

8．XP>>telp 0-30  回车至现plorfile:的提示符

9．plotfile:mol  mol是为你所要画的分子结构图起的名字，你也可以起别的名字。

注意：当你按了回车后会进入画图界面，这时候鼠标已经变成了一个矩形框。将矩形框移动到显示的原子边上合适位置后点击鼠标左键，就对该原子标注了它的顺序。鼠标在你标注了第一个原子后会自动移到下一个要标注的原子上或旁边，你仍将矩形框移动到合适位置后按鼠标左键进行标注。重复以上的操作，直至将全部原子标注完毕。然后按键盘上的b键保存后自动退出到XP程序的dos操作界面

10．XP>>draw mol mol还是刚才的文件名

11．当你上步操作按完回车后会出现一句话，可能的意思是：将该图形保存成什

么格式的文件，有几个选项。请选择按键盘上的a键（可能是保存成可用acrobat打开的文件），然后回车

12．为你的图形取一个名字，你可以仍用mol

13.上步回车后又会出现一句话，意思是要保存为黑白图形还是彩色图形。输入C保存成彩色图片。

以上就画好了分子结构图。你可以在这时候推出XP，即在XP>>提示符后输入quit或exit。

继续画堆积图。

14．XP>>cell 

回车后会出现5个数字，前3个数字依次表示的是a、b、c轴。

15．XP>>matr 1  这里matr命令后的数字代表上一步显示的前3个数字中的第一个。这个数字的选择要依照这样的规则：选取3个数字中最小的那个（也可以是最大的那一个），而matr后的数字就是上步操作的最小数字所在的顺序号。比如上步操作最小的数字是第三个，则应该是matr 3。如果你选择的是1，那么在提交给晶体学报网站的cif文件中的Figure 2的表述里就应该说是“Figure 2.

Part of the packing of the title compound, viewed down the a direction. Dashed lines

indicate hydrogen bonds.” 如果你选择的是2，则应该是viewed down the b

direction。

>> pack  当回车后会进入画图界面。这是要让你确定哪些分子是要保留的，而哪些分子是要删除掉的（可以不删除的）。一般来将在坐标框以外，同坐标框根本不沾边的要删除掉。删除和保留的方法是：先按回车，会看到坐标框在闪动，然后按键盘上的空格键保留所闪动的坐标框或分子，而按回车键则删除闪动的分子。等全部分子都处理完后，用窗口右上角的SG标示保存退出。如果输入pack命令符后如果出现的堆积图不理想，则重复上一步matr命令（matr命令下一步就是用pack）

17．XP>>telp cell  这是要画堆积图（Fig 2）的意思

18．profile:cell  这里的cell是为堆积图文件起的名字，你也可以用另外的名

字。

19．XP>>draw cell 

20．当你上步操作按完回车后会出现一句话，意思是：将该图形保存成什么格式的文件，有几个选项。请选择按键盘上的a键（是保存成可用acrobat打开的文件），然后回车

21．为你的图形取一个名字，你可以仍用cell

22．上步回车后又会出现一句话，意思是要保存为黑白图形还是彩色图形。按回车即保存成黑白图形，请按回车。等一会儿堆积图就画完了。

23.也可用photoshop打开cell文件，修改到适当的旋转角度后保存为 tif图片格式即可。

二、用保存的save文件来继续画晶胞堆积图

1．将后缀为res的文件（比如为）复制到硬盘根目录下（比如E：盘）

2．启动单晶分析软件XP

3．XP>>read e: 50710c 

4．XP>>fmol 

>>mpln/n。n可以为1-3中的任意一个数字，按回车至出现新的命令输入。

>>next_键入要打开的save文件（文件后缀名为.sav）

>>cell 

回车后会出现5个数字，前3个数字依次表示的是a、b、c轴。

8．XP>>matr 1  这里matr命令后的数字代表上一步显示的前3个数字中的第一个。这个数字的选择要依照这样的规则：选取3个数字中最小的那个（也可以

是最大的那一个），而matr后的数字就是上步操作的最小数字所在的顺序号。比如上步操作最小的数字是第三个，则应该是matr 3。如果你选择的是1，那么在提交给晶体学报网站的cif文件中的Figure 2的表述里就应该说是“Figure 2. Part

of the packing of the title compound, viewed down the a direction. Dashed lines

indicate hydrogen bonds.” 如果你选择的是2，则应该是viewed down the b

direction。

>> pack  当回车后会进入画图界面。这是要让你确定哪些分子是要保留的，而哪些分子是要删除掉的（可以不删除的）。一般来将在坐标框以外，同坐标框根本不沾边的要删除掉。删除和保留的方法是：先按回车，会看到坐标框在闪动，然后按键盘上的空格键保留所闪动的坐标框或分子，而按回车键则删除闪动的分子。等全部分子都处理完后，用窗口右上角的SG标示保存退出。如果输入pack命令符后如果出现的堆积图不理想，则重复上一步matr命令（matr命令下一步就是用pack）

>>telp cell  这是要画堆积图（Fig 2）的意思

11．profile:cell  这里的cell是为堆积图文件起的名字，你也可以用另外的名字。

12．XP>>draw cell 

13．当你上步操作按完回车后会出现一句话，意思是：将该图形保存成什么格式的文件，有几个选项。请选择按键盘上的a键（是保存成可用acrobat打开的文件），然后回车

14．为你的图形取一个名字，你可以仍用cell

15.上步回车后又会出现一句话，意思是要保存为黑白图形还是彩色图形。按回车即保存成黑白图形，请按回车。等一会儿堆积图就画完了。

16.也可用photoshop打开cell文件，修改到适当的旋转角度或除去部分不需要的化学键等后保存为 tif图片格式即可。