2024年6月12日发(作者:)
DeepView (曾经叫做 Swiss-PdbViewer), 也叫 DV 或 SPV,是一种界面友好, 基
于计算机应用,功能强大的三维图形软件工具。它是由瑞士日内瓦分子生物服 务器的
ExPASy 设计的,生物学家可以通过英特网从该服务器免费获得。
一. Overview Swiss-Pdb Viewer 又叫 Deep View. 它的功能如下: a.显示和分
析生物大分子(protein)的结构与图解; b.给予一段氨基酸序列,从头建立蛋白质结构
模型 c.找出并显示蛋白质中、蛋白质间、基团间的氢键 d.通过检晶仪检测电子密度图,判
断电子密度图谱和模型的质量,从而可以确 定蛋白质模型中许多普通类型的缺陷; e.同
时显示分析多个蛋白质的 3D 结构和序列; f.计算氨基酸残基的静电力和分子表面携带的
最小自由能。 g.对序列已知结构未知的蛋白质,Deep View 会将氨基酸序列递交给
ExPASY , 通过找到同源序列进行比对,将比对结果通过 ExPASY 递交给 Swiss Model,
做出同源模型。
二. Getting Started 载入一个蛋白质分子的方法有以下几种 a.可以直接在菜单
file→open PDB file b.也可以在打开 PdbViewer 之后再直接把 pdb 文件拖进去即可 c.
另外也可以通过快捷键 ctrl+o 打开 pdb 文件 d.在菜单 file 最下面的最近使用的 pdb
文件中直接打开 e.在菜单 file 中点击 Import,出现对话框,在 Name 栏中键入 PDB
ID,如 “1HEW” ,点击“Grab from SERVER”下面的“PDB File” ,模型就会以 棍
状形式出现。从这里我们可以看出,载入一个蛋白分子,不仅可以使用 PDB ID,还可以使
用 ExPDB ID, SwissModel 中的编号, Uppsala EDS 中的电子密度图编号,pubchem
CID,Uniprot 和 GenBank 中的序列号等。 保存 PDB 文件 a. 可以通过 file→Save→
Current Layer(Ctrl+S)保存在显示窗口活动的蛋白 分子的 PDB 文件。 b.
Project(shift+ctrl+S)保存所有同时打开显示的蛋白质分子。 c. Save selected residues
of Current Layer 保存被选择的氨基酸残基。 d. 还可以保存蛋白序列的 fasta 格式和当
前蛋白质的图像。 e. 保存不同蛋白间的序列比对结果。 f. 同时可以修改默认的参数以更
好的显示分子图像。
三. Windows and Help 在 windows 下有如下各种功能:control panel, layers
infos, alignment,等,下面以斑头雁与人的血红蛋白的序列为例,来介绍 windows 这些
选项卡的功能。 (一) Control Panel 当前显示的分子 Control Panel header 第一行是控
制当前活动分子的 可见性和可移动性,以及针对 Control Panel 寻求帮助。 第二行的功
能从左至右依次是: 显示氨基酸残基(show),显示侧链(side),标注残基(lable),显示分
子表面( ),以条带形式显示螺旋和折叠(ribbons), 并且可以有选 择的对各种氨基酸残基
进行颜 色修饰(color)。 每一项上面的 标志,当点击 Group 这一项主要列出 的有: 蛋
白质的主链:A.B 二级结构:h(helix) S(strand) 氨基酸名称:如 GLU, VAL 等 氨基酸的
编号 “+”时,就会针对选中的氨基 酸显示相应的侧链、标签、电子 云等,点击“-”
时,这些相应的 侧链、标签、电子云消失。 这两个黑色的箭头可以显示隐 藏的菜单: ——
选择表面的类型: VDW( 范 德 华 力 表 面 ) 、 accesible( 可 及 性 表 面 ) 、
molecular(分子表面) 、user 。 ——着色对象的类型: Backbone+side(骨架和侧链) 、
Backbone(骨架) 、 sidechain(侧链) 、 ribbon(条带) 、lable(标签) molecular
surface(分子表面) 、 (二) Layers Infos layers infos 可以同时显示多个蛋白质的信息,
可以通过对 layers infos 的操作控制 各个蛋白质的显示情况,根据使用者的需要清楚的
观察各个蛋白质。 点击问号标志,可以针对 Layers Info 寻求帮助。 列出所有载入 的
分子,当前 活动分子用红 色表示。 以 NCBI 分类法 为依据,给出蛋 白所属生物的分 类
学地位。 对每个分子,选中或不选可以 控制是否执行如下表所示的各 种功能,按住 shift
可同时控制 所有载入的分子。 显示在每个分子中当 前选中的基团数。 Layers Info sel
grp vis mov axis CA O H Hbnd Hdst cyc 分子被选中。 便于序列的选择,点击下面的
数字时,会选中所有属于这一基团的序列。 控制蛋白的可见性。 控制这个蛋白质是否可
以移动。 给该图形加一个坐标轴,该坐标轴有三个方向:X,Y,Z。 用来控制是否只显示蛋
白质的α-碳原子。 用来控制是否显示骨架的氧原子。 用来控制是否显示氢原子。 用来
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