2024年4月27日发(作者：)

先看一下megalign的简单介绍

MegAlign 提供6 列队(aligment)方法，进行DNA 和蛋白质序列的配对和多序列比较

(multiple aligment) 。多序列比较(multiple aligment)可以在MegAlign 的worktable 进行查看

和编辑。可以根据队列(aligment)的结果制作进化树（Phylogenetic trees），并且，有关序列距

离的数据和残基替代可以容易地作成表格。一般多序列比较(multiple aligment)的结果展示于

队列(aligment)窗口，相似性和差异用彩色的直方图展示。

打开方法与editseq一样，只不过点选megalign图标，然后进入其界面

选择File-Enter Sequences

首先进行2个序列比对，选中所需序列1和2，点击add，使从左侧添加到右边的框中，单

击Done

出现如图所示界面，选中1与2（可按control点选），之后选择Align-One Pair-By

Wilbur-Lipman method

出现如图所示界面，即为blast结果，但画面不美观，可对其进行调整，点击鼠标所处位置

按钮

出现此对话框，里面可进行一系列设置，可根据自己喜好进行，使界面更美观形象

设置后可看到错配碱基，如下，还是比较直观吧

比对之后可对其进行结果查看，点选View-Alignment report即可

结果如图

对于多序列的比对，添加序列与一对序列一样，不过选择的Align-Clustal或者Jotun Hein命

令

如点点选Jotun Heein后，出现如如图界面，图图中红线部分分代表同源序序列（偷懒了了，2个序列

添加

了2次变成4条了条 ）

之后后点选View-PPhylogenetic Tree进行系系统树分析

出现现如下结果，因我用序列列太少，体现不出很好效果果，欢迎大家家自己尝试

简单的把Alignment report参数设置介绍下

关于Alignment report，参考图8，之后选择options-Alignment Report Contents

出现如图对话框，为使Alignment report界面更美观一点，首先调整其界面，点选break

alignment，填入适当的碱基数，我一般选择80个，可填满整个界面，点击OK

出现如图所示界面，是不是更好看些？

继续选择上面对话框中的show consensus disagreement，会标示出错配碱基（绿色部分）

如继续选择show consensus strength，则出现如图所示结果，一致序列用红线代表

谢谢，正需要这些，不过请问Align‐Clustal或者Jotun Hein命令有什么区别呢？Clustal还有

V、W之分，有什么区别？

在一对比对是，One Pair‐By Wilbur‐Lipman method时要输入一些参数，那些参数怎么填，有

什么作用呢？谢谢楼主

关于第一个问题，见附件

关于第二个问题，见下面介绍，希望对你有所帮助

1 ) K‐TUPLE SIZE: This is the size of exactly matching fragment that is used.

2 )GAP PENALTY: This is a penalty for each gap in

the fast alignments. It has little affect on the

speed or sensitivity except for extreme values.

3 )WINDOW SIZE: This is the number of diagonals around each of the 'best' diagonals that will be

used. Decrease for speed; increase for sensitivity.