2024年4月27日发(作者：)
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Sequence Analysis Software
for Macintosh and Windows
DNAStar 中文使用说明书
GETTING STARTED
Introductory Tour of the LASERGENE System
MAY 2001
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DNASTAR, Inc.
1228 South Park Street
Madison, Wisconsin 53715
(608) 2587420
Copyright . 2001 byDNASTAR, Inc.
All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is
prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.
Sixth Edition, May 2001
Printed in Madison, Wisconsin, USA
Trademark Information
DNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan,
Protean,MapDraw, PrimerSelect, GeneQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or
registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc.
Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism 373, 377 and 3700 are registered
trademarks of Applera Corp., ALF is a registered trademark of Pharmacia Biotech A.B.,
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目录
在苹果机（Macintosh）上的安装与升级
通过因特网升级
软件安装
网络安装
疑难解答
在PC机（Windows）上安装与升级
通过因特网升级
软件安装
从 EditSeq 开始
从 GeneQuest 开始
从 MapDraw 开始
从 MegAlign 开始
从 PrimerSelect开始
从 Protean 开始
从 SeqMan II 开始
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L A S E R G E N E
f o r
Wi n d o w s & M a c i n t o s h
DNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 7 4 3 9
e m a i l : s u p p o r t @ d n a s t a r. c o m
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在苹果机（Macintosh）上的安装与升级
通过因特网升级
必备条件
下载升级程序
软件安装
必备条件
从CD安装
Lasergene
网络安装
必备条件
定义
Dongle
安装
服务器安装
终端机安装
疑难解答
系统配置冲突及网络问题
解决网络问题的其他工具
授权错误报告
程序使用及更多的授权信息
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通过英特网升级
如果您以前已经安装了
Lasergene
而且目前有升级和服务联系，您
就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以
自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。
必备条件
您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。
程序升级
备份您已有的
Lasergene
，找到您要升级的程序，并把它转移到备份
的文件夹中。连接到DNAstar网站的主页()，从
菜单中的Customers中点击Lasergene Updates点，安提示输入密码
和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面，找到Macintosh
软件（Macintosh Software），就可以下载您想要的模块了。
模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩到已经安装的DNAstar文件
夹中替换旧的模块文件。
用Macintosh Finder打开
Lasergene
浏览器，找到DNAstar文件
夹，从FILE MENU选择Update Applications，然后插入安装盘，等待
升级完毕。
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软件安装
本节介绍若何从CD在苹果机（Macintosh）上安装
Lasergene
。注
意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。
必备条件
一张个人的
Lasergene
安装盘；
一张
Lasergene
软件光碟；
足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。
从光盘安装
Lasergene
插入安装盘和安装光盘，双击图标，
续则出现安装窗口。
窗口中有两种安装选择：
简易安装和一般安装。
简易安装可以运行于
68K-family and Power
Macintoshes。
而一般安装可以安装工作站文件、执行文件和样品资料，我们推荐使用
简易安装，如果使用一般安装可以节省5Mb的空间。
注意安装完毕后，要重新启动计算机。
则出现下面的窗口，点击继
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网络安装
Lasergene
网络系统是可以运行于局域网计算机上的软件。他有两部
分组成：一是资料服务器，服务器要有较大的硬盘和较高的运行速度；
二是与服务器相连的终端机。后者通过一个称为dongle的
Lasergene
硬盘设备相连进行管理。
必备条件
安装磁盘（服务器版）
客户端磁盘，包括安装盘（终端版）和Disk 1（终端版）。
Lasergene
软件光盘
DNAstar网络用dongle
盘足够的硬盘空间和内存：服务器至少30Mb的硬盘，8Mb的RAM。终
端机至少1Mb的硬盘，32Mb的RAM。
定义
在安装
Lasergene
网络系统之前要熟悉以下术语：
u 应用程序：指EditSeq, GeneMan, GeneQuest, MapDraw,
MegAlign, PrimerSelect, Protean, and SeqMan II。
u 应用程序服务器：是指存储应用程序的电脑，通常与dongle服务
器是同一个服务器，但也可以不同，当在局部硬盘上安装网络程序
时，也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务
器，而且应用程序服务器不一定是苹果机，储存应用程序的机器也
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不一定必须能够运行该程序，仅仅是储存而已。
u 终端机安装（又称工作站安装），安装网络版本Lasergene运行的最
小软件部分，它包括以下在内：LicenseKeeper，Navigator，和系
统资源。
u 终端机：这可以是任何不作为Dongle Server的网络上的机器。终端
机是任何最少穿过终端机安装的机器， 这样是使得Lasergene应用程
序运行需要的最少、最低限度的软件。
u Dongle：Dongle是网络版Lasergene需要的硬件装置。每个网络系统
都需要单独的Dongle。 dongle是末端上带1个短的电缆的小的矩形的
装置。有2不同的种类的dongles：一种是在计算机背后可与调制解
调器端口连起来，有9个pin插头；另一种有4个别针阳插头，连接鼠
标和键盘。
u Dongle服务器：这是装有Dongle的机器，它肯定是最少穿过终端机
安装的苹果计算机，这机器应该始终保持运行。
u Navigator：是为了更简单的进行Lasergene应用设计的工具。在必
要的情况下，Navigator将自动安装网络组件，而且为网络安装诊断
工具。
u LicenseKeeper：和Dongle交流的持有人的系统扩展部分。它告诉
dongle哪个应用被开始，这样，dongle才允许末个机器程序运行。
u 服务器安装： 指Lasergene软件的完整安装，包括应用程序、
LicenseKeeper、Navigator和系统资源。
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Dongle安装
使Lasergene网络版能够运行的第一个操作就是安装dongle。在你安装
之前，请检查你的dongle是否有9-别针连接器（connector)或4-别针连
接器（connector)。
u 关闭你打算装dongle服务器那台苹果计算机的电源。
u 如果你的dongle有9-别针连接器（connector)，把它连接到你的计
算机调制解调器的端口上。 调制解调器端口是一个有9个外置接口的
设备，位于你的苹果计算机的后面的展示板上，电话听筒图标的附
近。
u 如果你的dongle有4-别针连接器，从键盘断开鼠标，把dongle接在
键盘上，接着，把你的鼠标接在dongle上。
u 重新启动苹果计算机。
u 如果你的dongle被接在苹果计算机上，你必须按照dongle服务器那
样进行软件安装。如果你打算将这机器作为文件服务器，请安服务
器安装的方法安装。如果你不打算将这机器作为文件服务器，请安
终端机安装的方法安装。在对dongle服务器施行成
的软件安装之后，在启动时应该出现右面的服务器
标。
功
图
服务器安装（Server Installation）
u 这个安装和在第5页上所描述的软件安装过程基本相同的。 由于大部
分的网络包括机器很多的不同的种类的（68 K，和Power Macintosh
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机器），所以我们推荐您选择简易安
装。
u 在完成软件安装之后， 如右图操作共
享Lasergene应用程序文件夹， 这样，
其他的网络用户才可以使用。 如果你
不能确定怎样操作， 请和你的网络管
理员联络。
终端机安装（Client Installation）
u 终端机安装必须在全部需要对Lasergene服务器操作的机器， 但不是
文件服务器的机器。
u 插入安装磁盘终端机版本，然后按照在第5页上软件安装的方法安
装。
u 随后通过苹果机菜单的选择命令将文件服务器和终端机相连。一些
网络可以使用其他的方法进行相连。如果这步你有问题，请和你的
网络管理员联络。
u 从终端机上的DNASTAR文件夹中运行浏览器。
u 从文件菜单，选择寻找应用程序，你应该收到如下信息：全部应程
序用都被浏览器找到了。
现在就可以从文件服务器运行Lasergene应用程序了。
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疑难解答
系统配置冲突
一些系统配置可能会在安装过程冲突，如果你不能从Lasergene光盘成
功地安装，可以关上不必要的配置：
u 用计算机控制板上的配置管理器关闭任何不必要的扩展程序。
u 或重新启动你的机器，继续安装。
网络疑难
找不到dongle服务器是网络问题中最常见的问题。当你开始运行
DNASTAR应用程序时，你会遇到这问题，提示信息显示：DNASTAR许可服
务器没有应答，请再试一次。可能有以下几个原因：
u 是否装有dongle的计算机被关闭，如果是重启dongle机器即可。
u 是否dongle没有接在苹果计算机上，或者不在调制解调器端口或鼠
标接口，按照第8页Dongle Installation命令在苹果计算机上重新
安装dongle。记住在除掉或者插入dongle之前先关闭计算机。
u 如果你的dongle被接在IIfx，Quadra 900或Quadra 950等机子上，
你不仅需要重新安装，还要进行如下操作：
² 从菜单中选择Control Panels中的Serial
Switch双击，就会出现右面的窗口。
² 将Faster 换成Compatible。然后重启计算
机。
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² 如果dongle已适当地被接在调制解调器端口上， 但是计算机不识别，
那可能是你的计算机在 booting 期间里不是别调制解调器端口的
记号。用LicenseKeeper按下面的方法寻找调制解调器端口：
l 启动Navigator。
l 按Option——NETWORK MENU—
—Set LicenseKeeper的顺序打
开右边的LicenseKeeper对话
框。
l 把Dongle Delay参数放到3秒上。
l 单击LicenseKeeper，接着Done。
l 重启苹果计算机。
l 如果问题还没解决，和DNASTAR联络。
其他解决网络问题方法
要了解您的计算机和全部可通过网络运行DNASTAR的 dongle服务器， 选
择NETWORK MENU中的Diagnose LicenseKeeper。计算机将告诉您是否
dongle被安装到你的计算
机上，是否存在
LicenseKeeper系统配置。
同时显示LicenseKeeper站
点识别和版本编号。无论你
的计算机的授权状态如何，
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Navigator都会报告所有已连接的dongle服务器的状态。许可服务器报
告在网络地带附近形成， 可显示全部对你的网络应答的dongle服务器的
用户名，站点识别和版本编号。通常，你的LAN包括单一的dongle服务
器，但是，大的网络上可以有几个。如果你的计算机被接在大的LAN上，
打开这个报告可能会慢一些。确定全部LicenseKeeper服务器的地点要
求network request被送到在LAN上每个区。至少需要1秒钟才能确定是
否有回应。
LicenseKeeper错误报告
如果授权系统没有安装，或者和dongle服务器连接困难，Navigator将
会发现问题， 报告错误信息。 下面斜体为错误类型， 其后是各自的原因。
u
LicenseKeeper系统扩展没在系统文件夹或扩展文件夹中。 重新安装
Lasergene客户端软件。
Navigator不能和系统扩展连接，也没在系
统文件夹中发现。对于System 7或较晚的Macintoshes，如果你重启
计算机时按下Shift键，则可能发生这问题。
u
当计算机起动的时候，按下了鼠标按钮或Shift键
。
重启你的机器
。
因为系统扩展在启动时被失活了， 所以Navigator不能和系统扩展交
流。
你的机器上安装了较老版本的Mac机网络协议。 安装53或更新版本的Mac
机网络协议。
安装的Mac机网络协议不支持系统扩展。在小的网络或
closely-knit的安装上，这将不是问题，因为dongle服务器与其他的客
户机在同一个区。如果必要，DNASTAR能为较新版本的Mac机网络协议
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（AppleTalk）提供驱动和installation script。
u
不能在网上注册LicenseKeeper。和DNASTAR联络
。由于你的计算机
上有太多的其他的网络处理，系统扩展不能进行网络操作。这种情
况很少见，但如果您的计算机是网络中介的话，有时也会发生。
u
LicenseKeeper系统扩展所需的内存不够。关闭不必要的系统扩展。
如果你的操作系统在你的计算机上使用了全部的内存，这也会发
生。。
u
系统文件夹被保护。去除系统文件夹保护，重启计算机
。系统文件
夹里的文件和已经使用的文件不能够保存。磁盘压缩和口令保护的
扩展时会发生这些问题。
u
重新安装Lasergene工作站软件。
系统扩展使用的系统文件夹里的文
件不存在了。
应用程序的使用
为了了解已连接的用户的数目， 用户使用了什末程序， 程序使用的时间，
可以从NETWORK MENU打开Application Usage。窗口中还会显示有关诸
如客户/服务器状态， 站点识别和LicenseKeeper系统扩展的版本编号等
一般信息。当这窗口打开时，Navigator将没10秒钟更新一次应用程序
的使用信息。
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更多的LicenseKeeper信息
计算机启动时，LicenseKeeper将自动寻找网络的区信息和每个区的
dongle服务器。只有标识号与LicenseKeeper系统扩展相符的dongle服
务器才能够被识别。这允许1台以上dongle服务器在相同的网络的范围
内操作。如果网络管理员改变了有dongle服务器的区名并重新启动
dongle服务器，那末区外的所有终端机也必须重新启动。
系统扩展作为Dongle Server成功启动时，在启动期间会出现这
个图标。
系统扩展作为终端机成功启动时， 在启动期间会出现这个图标。
系统扩展被安装，但是由于较少的内存或失活（启动时按下了
鼠标）而不能启动时会出现这个图标。
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WINDOWS上的安装与升级
通过因特网升级
必备条件
下载升级程序
软件安装
必备条件
从CD安装
Lasergene
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通过英特网升级
如果您以前已经安装了
Lasergene
而且目前有升级和服务联系，您
就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以
自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。
必备条件
您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。
程序升级
备份您已有的
Lasergene
，找到您要升级的执行程序，并把它转移到
备份的文件夹中。
连接到DNAstar网站的主页()，从菜单中的
Customers中点击Lasergene Updates点，安提示输入密码和用户名
（与会员名相同），这样就会打开下载页面。
找到windows软件（Windows 95/98/NT Software
.
），就可以下载您
想要的模块了。
模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩完毕。
看到“Application name” has been updated.说明升级完毕。
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软件安装
本节介绍若何从CD在PC机（Windows）上安装
Lasergene
。注意
安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。
必备条件
一张个人的
Lasergene
安装盘；
一张
Lasergene
软件光碟；
足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。
从光盘安装
Lasergene
插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则出现下面的窗口，点击继续
则出现安装窗口。
随后一次出现下面窗口， 请按
照提示做出选择然后点击
Next，直至完成安装。
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从EditSeq开始
EditSeq 是能够迅速、正确地输入，并且修改 DNA 或蛋白质序列工
具。每个 EditSeq 文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为
序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。
EditSeq 能读取大部分的序列格式——包括 FASTA，GenBank，ABI、
GCG 和 ASCII 格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另
外， 序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。
经 Entrez 或 BLAST 检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联
网服务器下载。
序列被打开后， EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，
或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外， EditSeq
能以 GenBank，FASTA 和 GCG 格式输出序列。
如果在使用这软件中需要帮助， 可以和 DNASTAR 联络。 电话：（608）
258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@，
或者经.
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内容
打开已有序列
寻找开放读框
DNA序列翻译
遗传密码选择使用
遗传密码修改
序列的反向互补及反向转换
BLAST检索
序列信息查看
序列校读
序列的保存与输出
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打开已有序列
我们从用 苹果计算机打开“ TETHIS21MA ”和 用 Windows 打开
“”开始。
假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用 EditSeq 打开序列的同时，
用 Set Ends 命令去除 5’和 3’污染序列。
l 从文件菜单（FILE MENU），选择 Open。
l 打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。
l 单击位于对话框右下角的 Set Ends 按
钮。Set Ends 被打开（如右）。
l 在 5’框和 3’框中键入 50 和 850，点
击 OK。单击 Open 打开序列。
当 EditSeq 窗口打开时， 序列长度显示在右上角。 通过 “setting ends,”
现在你只有最初序列中的 801 bp 的片段。Set Ends 选择在全部
Lasergene 应用程序中都可以使用。
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寻找开放读框
在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的 ORF，并翻译它。
l 从 SEARCH MENU 找到 ORF，点
击打开会出现右边的对话框。
l 单击 Find Next 寻找第一个
ORF 的位置。
l 继续点击 Find Next 直到你把 ORF 的位置选定在位置 183-455。ORF
的坐标会出现在 EditSeq 窗口的顶端附近。
DNA序列翻译
这一节中我们介绍如何翻译我们的 ORF，不过任何序列中的读框内部分
都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三
联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如果
你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭
头和右面的箭头显示向左或向右移动一个
bp，以使所选序列成为三的倍数。
l 选定 ORF，从 GOODIES MENU 菜单中选
择翻译（Translate）。
l 翻译的蛋白质序列出现在一个新的未
命名窗口中（如右图）。它是使用标准
的遗传密码翻译的。
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使用其它遗传密码
根据你的序列的来源， 你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操
作。在这节中，我们将标准的遗传密码转换成 Ciliate Macronuclear
密码 。
l 从 GOODIES MENU 菜单选择 Genetic Codes
打开，子菜单显示如左。
l 单击“Ciliate Macronuclear”就实现了
遗传密码的转换，EditSeq 现在使用的就
是 Ciliate Macronuclear 的遗传密码。
l 同样可以将遗传密码转换为其它类型。
遗传密码的编辑
这一节中我们修改 Ciliate Macronuclear 的遗传密码。
l 从 GOODIES MENU 菜单选择 Edit
Selected Code。这将打开右面的窗
口，窗口显示遗传密码是怎样翻译
DNA 和 RNA 序列的。
l 如以 DNA 形式展示密码，点击 DNA
按钮。
l 编辑时，单击任何要编辑的密码，
从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。
l 如使用不同的启始密码子，单击 Set Starts 按钮。第二的遗传密码
窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。
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l 单击任何氨基酸（或者 codon 位置），该密码子就会变成绿色，而且
旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需
单击它即可。如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。
序列的反向互补及反向转换
下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。
l 选定序列。
l 从 GOODIES MENU 菜单，选反向互补序列（Reverse Complement），
或者把序列颠倒过来（Reverse Sequence）命令，则被选定的序列
就被翻转互补或翻转过来了。
BLAST检索
下面我们将在 NCBI 的 BLAST 服务器上对 TETHIS21 序列进行相似性比
较。注意为了进行 BLAST 查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接
因特网，跳过这部分，继续下一部分。
l 选定序，或者从 EDIT 菜单中选择 Select All。
l 从网络检索菜单（NET SEARCH
MENU）， 选择 BLAST 查找。 BLAST
对话框就会出现。
l 程序默认为 blastn，数据库默认是 nr，参数转换请参照帮助。
l 单击 OK 开始查找。
l 寻找结果显示为两部
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分 （如下）。 上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，
下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的
具体结果。有关“score”和“expectation”的详细的信息在 NCBI’
s 网点——/BLAST.——可以找到。
一般来说，更主要的 score 和更低的 expectation 提示较好的相似
性。
l BLAST 结果窗最上边的 3 钮被用来打开，或者保存检索到的序列，
或者让你了解更多的有关信息。
下面我们从用“Create Document”钮来打开评分最高的 5 序列开始：
l 单击 Create Document。一个小
的对话框出现。
l 在左上角有一个下拉菜单显示
默认（default）。单击下拉菜单，选顶端（Top）。并在右面的文本
框中写入 5。
l 单击 OK，EditSeq 自动查对多余序列。如果 EditSeq 提示至少 2 序
列是同一个，请点击 OK。EditSeq 将从因特网数据库下在单一的序
列，并分别打开一个单独的 EditSeq 窗口。
下面我们用“Batch Save”钮将 3-10 序列保存为 EditSeq 文件：
l 选定从顶端起第 3 个序列。单击 Batch Save。小的灰色的对话框出
现。
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l 单击下拉菜单，选 Next。并在右面的文本框中写入 8。
l 点击 Set Location，显示文件夹对话框。
l 选定你要保存序列的位置。单击 OK 回到灰色的对话框。
l 单击 OK 保存序列，文件扩展为“.seq” 。在下载过程期间，EditSeq
自动查对重复的序列。如果 EditSeq 提示至少 2 序列是同一个，请
点击 OK。
l 除非你收到错误信息，否则可以认为你的序列已经成功下载。
最后我们可以使用“Launch Browser”钮查看序列的详细信息
l 选定序列。
l 选择 Launch
Browser。
l 你的网络浏览器
将打开右面的窗
口。
序列信息查看
现在我们要使用 EditSeq 菜单指令查看有关打开的 TETHIS21 序列的信
息。
l 选定序列的一部分。 如果你倒是
希望全选序列，从 EDIT MENU 菜
单，选择 Select All。
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l 从 GOODIES MENU 菜单，选 DNA Statistics。就会出现右面的窗口，
显示序列信息。
序列校读
在我们学习保存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校读功能
这功能能帮助你校正测序胶中的错读。
l 选定序列。
l 单击校对发音图标（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECH MENU，
选Proof-Read Sequence。
l 电子的音声就会开始朗读所选的序列。（注：如果你听不见任何声
音，检查你的计算机的喇叭是否已经打开。）
l 要改变音声read-back的速度，从SPEECH MENU菜单，选择Faster or
Slower。
l 要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECH MENU菜单，选择
Proof-Read Sequence。
序列的保存与输出
首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选New中的New DNA，或者
New Protein。
l 将序列写入出现的窗口。
l 如果你输入非法字符，计算机会发出警告。
然后，我们将序列保存为EditSeq文件：
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l 从文件菜单，选Save。
l 选定保存位置。
l 给序列命名。
l 单击保存则可。
以GenBank或GCG格式保存序列：
l 从文件菜单，选Export。
l 选定保存位置。
l 为sequence(s)选格式。
l 给sequence(s)命名。
l 单击保存则可。
以FASTA格式保存序列：
l 从文件菜单，选Export（1个序列），或者Export All As One（多
个序列）。当使用Export All As One的时候，如果DNA和蛋白质文
件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存的类型是一致的。
EditSeq仅仅将写入的序列保存为FASTA格式。
l 选定保存位置。
l 选FASTA格式。
l 给sequence(s)命名。
l 单击保存则可。
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从GeneQuest开始
GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操
作生物学所关心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因
子结合为点、 重复序列、 限制性内且酶酶切位点等。 通过应用 “methods”
到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上
注释任何你发现的feature。和其它的Lasergene应用程序一样，
GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。
GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的
序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果你知道Genbank序
列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在Entrez
数据库进行序列查找和输入。
如果在使用这软件中需要帮助， 可以和 DNASTAR 联络。 电话：（608）
258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@，
或者经.
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内容
打开已有分析文件
GeneQuest的DNA分析方法
用分析方法操作
方法参数改变
结果展示优化
Feature注释
BLAST检索
Entrez Database检索
GeneQuest的其他特点
保存分析文件
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打开已有分析文件
在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）
“Nematode R01H10.”进行操作。
l 从文件菜单，选择Open打开一
个和右边相似的窗口。
l 在苹果计算机上，从Show菜单
中选择GeneQuestDocument文
件。在Windows上，从文件类型
菜单(Files of Type)的中选择
GeneQuest Documents。
l 用文件管理系统打开名为“Demo Sequences.”的文件夹。双击
Nematode R01H10，就可以打开下面的窗口。
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GeneQuest的DNA分析方法
打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的
图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的features。打开序列后，你会
发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。在下一部分中，我们将
学习如何把其它方法用于我们序列的分析。
l Title——给文件取名。
l Ruler——在文件中加入标尺。
l Sequence——显示文件中的序列。
l PatternsMatrix——方法的运算参数。
l PatternsSignal——转录因子结合位点数据库。
l PatternsTypeIn Patterns——使用键盘输入运算所需的Pattern参
数。
l RepeatsInverted Repeats——寻找反向重复序列。
l RepeatsDyad Repeats——寻找Dyad重复和palindromes。
l RepeatsDirect Repeats——寻找正向重复序列。
l Gene Finding DNA Finder————在打开的DNA序列中寻找指定
DNA序列。分别显示正义连和反义连的寻找结果。
l Gene Finding Protein Finder——在打开的蛋白质序列中寻找指定
DNA序列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。
l EnzymesRestriction Map——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开
的序列，并以图形方式展示。
l Coding Prediction Borodovsky——用Borodovsky’s Markov方法
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来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。
l Coding Prediction Starts Stops ORFs——根据指定的ORFs的最小
长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框
的启始和中止点分别展示。
l Coding Prediction—Local Compositional Complexity——根据
Shannon信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。
l Base ContentsBase Distribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的
频率、分布，以及AT和gc分布区域。
l Bent DNA Bending Index——DNA折叠预测。
用分析方法操作
调用新的GeneQuest方法的步骤是：从More Methods中选择方法，加入
方法帘（method curtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放
入分析界面
（assay surface）
即可（见右图）。
在本节中，我们
使用Bent DNA
Bending Index方
法进行分析。
l 从
ANALYSIS
MENU选择Show Available Methods可以打开方法帘，也可以通过
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拖动分析界面左上角的小环的打开方法帘。方法帘中包括已经用于
分析的全部方法。
l 你将注意到方法帘没有Bent DNA Bending Index method。在方法
帘的顶端，点击More Methods打开一个下拉菜单，其中尤可以用于
分析的所有方法，点击Bent DNA Bending Index method，该方法
就进入了方法帘。
l 若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击其右边的三角形。如
果图标前有数字表明该方法已经使用，数字表示应用的次数。因为
我们还没有应用Bent DNA Bending Index，所以点击三角形，会发
现图标前没有数字。
l 点击白颜色的位置去除对图标的选择。
l 单击选定“Bend Region,”，将其拖到分析
界面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显
示出来。
方法参数改变
下面我们改变方法的参数， 然后将分析结果与参数改变前的结果进行比
较。
l 重复前面的操作，在方法帘中加入一个新的Bent DNA Bending
Index，并把它拖如分析界面。现在你应该有2个完全一样的折叠区
分析结果。
l 双击方法帘中任何一个结果，将打开一个参数对话框。
l 改变弧长度参数为30，单击OK。分析界面上就会出现根据此参数计
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算得到的结果。
（注：如果你再次拖入新的方法时，参数的改变会自动应用到新的方法
上）。
结果展示优化
l 组合或移动展示的结果：单击位于GeneQuest窗口左侧的调色板工
具中的的选择器（手图标），在分析界面中可以随意拖动任何展示
的结果到任何位置。
l 改变方法格式：单击目的选择器（手图标），可以选择分析界面上
的任何方法。从OPTIONS MENU菜单选择Line Color，打开彩色选
择子菜单。选定颜色后，方法题目和结果显示都将变成那个颜色。
另外，你可以用类似的指令进行操作：Line Weight、 Fill Color and
Fill Pattern。
l 去除方法：单击选择方法帘中显示的方法，用退位或删除键去除应
用的方法即可。
注意任何你除掉的方法都是能从Methods menu菜单再一次被使用。
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注释Features
当你用Genbank输入序列时，序列中标注的Features会自动转换为图形
命令显示在方法帘中。这些Features 可以象任何别的方法那样拖到分
析界面上显示。
GeneQuest也允许你为你的DNA序列制作新Features：
l 单击位于GeneQuest窗口的左侧的调色板工具（箭图标）。
l 然后点击选定26414257的Informative Region。
l 点击调色板工具（铅笔图标），或者从SITES & FEATURES MENU
选择New Featur， 打开一个
Feature Editor对话框（如
右图）
l 你打开Feature Editor时，
首先进入Location设定。点
击 “Info region” 进入Title box， 点击 “Segment A” 进入Segment Name
box，接着，在对话框的底部选择标题和区段名字的位置。
l 点击Description按钮进入新的Feature Editor窗口。如果你愿意，可
以在note中对Feature做标注，在key种选择Feature的种类。
l 点击Style按钮进入最后的Feature Editor窗口，选择字型，大小和颜
色，以及你喜欢图型用于新建的feature。
l 点击OK关闭Feature Editor窗口。一个图形化展示的“Info region”
就会出现在分析窗口的底部。
下面我们把新建的feature与另外一个feature整合起来。
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l 单击调色板工具（箭图标）。选定你刚做好的feature，单击工具调
色板工具上的（链图标）。
l 然后点击名为“R01H10.4——CDS.”的feature，再点击连接（链图
标）。
l 这样你的“Info region”featur将继续作为没有联系的方法而存在，
但是，它的拷贝将作为R01H10.4featur的一部分出现。
BLAST检索
GeneQuest为你的序列在因特网或企业内部互联网数据库上进行相似
性检索提供2不同的方法。BLAST Selection指令允许你使用序列的任何
一部分进行检索。BLAST ORF需要你首先选择序列的ORF，然后他就
可以自动翻译，在蛋白质数据库中进行检索。在这一节中，我们用
BLAST在NCBI上检索与Nematode R01H10相似的序列。
注意必须保证您的计算机与因特网相连。否则，跳过这一部分。
l 单击范围选择器调色板工具（箭图标）。
l 如同在右边被显示的那样，单击任何“R01H10.5”的feature。注意
此时选定的仅仅
是外显子部分
（exons），内含
子部分被自动去
除。
l 从网络检索菜
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单，选BLAST Selection。会
出现左面的BLAST对话框。
l 不做参数改变，这样，程序
是blastn，数据库是nr。
l 单击同意开始查找。
寻找结果显示为两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检
索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上
边序列）比较的具体结果。有关"score"和"expectation"的详细的信息
在NCBI's网点/BLAST.可以找到。一般
来说，更主要的score和更低的expectation提示较好的相似性。BLAST
结果窗最上边的4钮被用
来打开， 或者保存检索到
的序列， 或者让你了解更
多的有关信息。“Put In
Document”按钮相当于
Gene Finding DNA
Finder，在打开序列中寻找检索到的序列。（如果我们使用blastp或
blastx，则相当于Gene FindingProtein Finder）
l 在BLAST结果窗口中选择一个检索结果。
l 单击Put In Document。保存对话窗将打开。
l 选定保存位置，并命名。单击保存。
l 你选的序列将象应用方法那样以短的垂直的竖线自动出现在分析界
面的底部。垂直的竖线显示BLAST结果的位置。
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l 可以选择Zoom in/OUT来放大或缩小视野。直到你能清楚地查看序
列。
l 其他按钮与EditSeq中介绍的功能相同。
Entrez Database检索
GeneQuest允许你在因特网或企业内部互联网的Entez数据库上进行检
索。检索到的结果可以输入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存为序
列文件。在这一节中，我们将检索与狨视觉色素（visual pigment in
marmosets）序列有关的序列，然后学习GeneQuest或EditSeq是如何打
开其中的一个序列的。
l 从网络检索菜单（NET SEARCH MENU)，选择新正文查找（New
Text Search） 来打
开Entrez Query
窗口（如右）。
l 在文本框中敲入
“visual
pigment.”。
l 从默认为“All Fields”的下拉菜单中选择“Text Word.”。
l 用鼠标从右面再拖入一个检索框（New Term）。
l 在文本框中敲入 “Callithrix” ， 从 “New Fields” 菜单中选 “Organism” 。
l 单击查找。查找结果出现于Entrez Results窗口（如下）。
l 双击任何Entrez Results窗口里的序列，就可以查看其详细信息。
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如果你想在GeneQuest或EditSeq里打开其中的一个序列：
l 从Entrez Results窗，单击你想打开的序列。
l 从网络检索菜单，选择用GeneQuest或者EditSeq打开（Open with
GeneQuest/Open with EditSeq）。
l 选定文件保存的位置，并给文件取名。单击同意（视窗），或者保
存（苹果计算机）。
如果你选择以GeneQuest打开文件，GeneQuest将打开文件并且将其默
认的方法自动应用到序列上。 如果你做选择以EditSeq打开文件，Entrez
序列将在主窗口中显示。
GeneQuest的其他特点
以RNA折叠形式查看序列的一部分：
l 选定目的序列，在ANALYSIS MENURNA菜单中选择Fold as RNA命令。
序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大小：
l 打开方法帘（method curtain）。
l 从More Methods中选择Enzymes - Restriction Map 加入方法帘。
l 单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶一览表。注意方法帘仅仅
显示那些最少切割一次DNA序列的酶。刚打开酶一览表时，所有的酶
都被选中了，在空白处单击一下去除选定。
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l 选定特定的酶，拖入分析界面，即可
以看见该酶的酶切位点在序列上的
位置。
l 从SITES & FEATURES MENU菜单选泽
Agarose Gel Simulation。
l 新窗口即显示酶切片段在
electrophoretic的分离情况（如
图）。
保存分析文件
l 从文件菜单，选保存。
l 选定文件的保存位置。给文件命名。
l 单击保存。
l 你所应用和展示的所有信息都会被保存。
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从MapDraw开始
根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，MapDraw可
以制作6种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图，在展示限
制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的feature，六个读框及其翻
译结果。MapDraw也以自动展示从GenBank输入序列的features。
你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外， 你可
以用手工选任何酶切位点的结合。酶切位点过泸器（filters）也可以使
用Boolean operators联合使用。
MapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细，充分
地结果概括。和全部Lasergene应用程序一样，MapDraw也提供整合的
BLAST查找功能。
如果在使用这软件中需要帮助， 可以和 DNASTAR 联络。 电话：（608）
258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@，
或者经.
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内容
新酶切图制作
过泸器类型
应用频率过泸器
应用手动过泸器
使用过泸器一览表
使用Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具
酶信息显示
环形展示
ORF图
显示择选
保存，退出
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新酶切图制作
我们以组氨酸DNA序列 “TETHIS21MA” （苹果计算机） 和 “”
（视窗）为例。首先我们寻找能够切割组氨酸DNA序列的酶切位点。
l 从文件菜单选择New打开右
边的对话框。
l 打开“Demo Sequences.”文
件夹。
l 双击打开TETHIS21（见下）。
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过泸器类型
过泸器（filter）是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义
过泸器之前，所有酶切位点都会用于序列分析。你可以用和／或来组合
过泸器。
MapDraw内置的过泸器如下：
l Overhang过泸器是根据一套你定义的Overhang准则归类的酶切位
点。这些准则包括3’和5’端突出，与别的酶切位点互补以及兼并
的末端突出。克隆试验中，可以使用这个过滤器寻找互补末端。
l 频率（Frequency）过泸器是指根据出现于指定的范围序列上的频率
归类的酶切位点。我们将在本节的下一部分中使用这个过泸器型。
l 种类和复杂性过泸器（Class & Complexity）是根据酶切位点种类
归类的酶切位点。这些种类包括：I型（随机）把II型（明确），或
者I型+II型。这过泸器也可以根据位点复杂性、价钱和来源进行归
类。
l 手动选择过泸器（Manual Pick）允许你按需要选定酶切位点。在随
后的一部分中，我们学习使用手动选择过泸器的方法。
l Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具也是一种过滤器，随后
进行阐述。
频率过泸器应用
首先让我们用频率过泸器来删除任何可以两次切割我们序列的酶。
l 从ENZYME MENU，选New Filter，然后Frequency打开参数对话框。
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l 在Min和Max对应的框中输入数字1和2，其他的参数不变。这个设定
将我们序列中切割多于两次的位点自动删除。
l 在过泸器名字框中，输入“Two-cuts-max.”。
l 单击Apply将过泸器用于序列分析——然后OK退出参数对话框。 你将
注意到在图上酶切位点的数目现在大大地减少了。
应用手动过泸器
虽然减少了大约3分之2的位点，但是还有100以上的酶存在。我们还可
以设定一些更严紧的命令进行限制。 看一看我们的酶是否能整齐地用来
切割TETHIS21序列的编码区。
l 从MAP MENU选Linear Minimapp。打开的窗口显示每个限制酶切割位
点的位置。
l 滚动窗口， 直到你看到大的向右的箭头， 上写 “histone” 。 “Histone”
是在最初的Genbank入口被注释的序列特点。当我们打开它的时候，
这个特点和
序列一起输
入。
l 单击选定它。
l 在屏幕的左
上单击种类调色板工具（Sort），接着选择Sort by Cuts Close to
Selection。酶切位点即刻分类，这样，距特点最近而且超出选定范
围的酶切位点将会排在最上面。
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l 滚动到窗口的最顶端。你将注意到，在histone基因的左和右有2酶
切位点：Acs I和Apo I。两个酶切位点对我们来说都是理想的。
现在我们将制作仅仅包括Apo I酶切位点的Manual Pick filter。
l 从ENZYME MENU，选New Filter——然后Manual Pick。打开酶切位
点过泸器编辑器。
l 把Apo I从右边的窗口拖进左边的窗口。给过泸器取名。在这我们把
过泸器叫做“Apo I.”。
l 点击Apply——然后OK，就保存并应用
“Apo I.”过泸器了。
l 注意到现在线性的minimap仅仅由Apo I
酶切位点和histone特点构成。
使用过泸器一览表
现在我们已经应用了2个过泸器：一个叫做“Two-cuts-max”的频率过
泸器和叫做“Apo I.”的手动过滤器，MapDraw会自动把两个过泸器的
结果用“AND,”联合起来应用，这样，展示的结果需要满足两个标准：
切割一或两次，用Apo I切割。我们手动过滤器包括频率过泸器的单一
切点的内容，所以他自动的覆盖了频率过泸器的结果。下述过泸器一览
表允许我们随意编辑、组合各个过泸器。
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l 从Map Document，单击
过泸器调色板工具（在
窗左上的漏斗图标）打
开过泸器一览表（如
下）。当前应用的所有过泸器都出现于窗口的左边。
l 为了除掉Apo I过滤器，点击选中它，从左窗口拖到右边的窗口，单
击应用即可。现在由于只有Two-cuts-max过泸器被应用，所以序列
上的酶切位点数目立即增加了。
l 把Apo I过滤器拖回，放在And旁，单击Apply再次应用Apo I过滤器，
序列上的酶切位点数目又立即减少了。（如果把Apo I过滤器拖回，
放在Or旁，单击Apply再次应用Apo I过滤器，序列上的酶切位点数
目不会改变，因为Apo I过滤器是Two-cuts-max过泸器的一部分）。
l 按上面的方法把两个过滤器都去除。
使用Must Cut Here / Don’t Cut Here调色板工具
Must Cut Here / Don’t Cut Here工具是另一种酶切位点过滤限制方
法。我们将用这个方法再次重复上面的操作。
l 从MAP MENU，选Site & Sequence。
l 向下滚动，直到你看在大的向右指的箭头，上写“histone”。
单击选中。点击Don’t Cut Here调色板工具（红色园圈起的剪刀样图
标），去除所有切割选定区的酶切位点。（点击Must Cut Here工具—
—剪刀样图标——序列上将展示所有切割选定区的酶切位点。）
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这样，仅仅剩下那些不切割选定区的位点。
显示酶信息
内切酶编辑器（Enzyme Editor）使你能够查看内切酶的各种相关信息，
包括其名字，识别序列，isoschisomers，种类，价格，销售公司和有
效性等详细的信息。你对这些信息可以进行添加或删除操作。
l 打开酶编辑窗（如左），双击任意一个
酶的名字。
l 箭头显示酶识别序列和切割位点。
l 你可以按照“GeneQuest”上的方法在
序列上添加新Feature，并作注释。
环形展示
你可以以环形图展示环形或线性序列，但是，如果序列是线性的，
MapDraw会提示你。如果你想在环形序列上进行酶切位点限制，那末，
我们前面提到的Don’t Cut Here filter完全可以做到这一点。
l 通过点击过滤器调色板工具检查当前是否只有Don’t Cut Here过泸
器应用。如果已经应用，则
Don’t Cut Here过泸器应
该在过泸器一览表的左边
的窗口里， 而其他的过滤器
在右边。如果这不是这样，
请进行调整。
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l 从MAP MENU，选择Circular Illustration，打开左边的窗口。（如
果此时有太多的酶切位点，你可以加入其他的过泸器）。
l 通过OPTIONS MENU的Drawing Size调整图画的大小。2条红线相会的
角是你可以做的最小图画的范围。在窗口内点击任何位置，图形大
小将显示为那末大。
l 单击同意。
ORF图
l 从MAP MENU，
选ORF Map打
开右边显示
的六读框的
开放读框窗
口。默认的终
止和开始codons可以使用指定的遗传密码。方法见EditSeq。
l 从OPTIONS MENU中选择ORF Criteria可以设定参数。你能调整最小
的ORF长度，定义上游启动子和距上游启动子的距离，选定后单击同
意即可。
l 放大ORF以查看翻译的序列。方法是点击调色板工具中Zoom In
（有＋的图标），接着，单击分析界面。重复这些2步直到你能看翻译。
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显示选择
MapDraw’s OPTIONS MENU提供各种指令允许你做下面的事情：
l 选择1个或3个字母的编码。
l 显示不同的读框组合（Reading Frames 或 Line Layout）。
l 编辑用于翻译的遗传密码（Genetic Codes and Edit Selected
Code）。酶显示可以选择垂直或者水平展示。
l 线性化环形序列（Linearize Sequence）。
l 显示不确定位点。
保存退出
l 从编辑菜单（EDIT MENU），选保存地图（Save Map）。
l 选择保存位置，命名。
l 单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。
l 从文件菜单（FILE MEN），选择放弃（苹果计算机）或者退出（视
窗），电脑提示保存或放弃；选择保存，则你操作的所有结果都会
保存起来，否则结果会全部丢失。
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从MegAlign开始
MegAlign 提供 6 列队(aligment)方法，进行 DNA 和蛋白质序列的
配对和多序列比较(multiple aligment)。多序列比较(multiple
aligment)可以在 MegAlign 的 worktable 进行查看和编辑。可以根据
队列(aligment)的结果制作进化树（Phylogenetic trees），并且，有
关序列距离的数据和残基替代可以容易地作成表格。一般多序列比较
(multiple aligment)的结果展示于队列(aligment)窗口，相似性和差
异用彩色的直方图展示。和全部 Lasergene 的应用程序一样，MegAlign
也提供整合的 BLAST 查找功能。
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内容
创建队列文件
序列设置
Pairwise Alignment
使用 Dot Plot Method
多序列比较
Phylogenetic Tree查看
查看队列报告
Decorations/Consensi
MegAlign文件保存
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创建队列文件
MegAlign提供两种基本的队列方法：配对比较和多序列比较。配对比较
可以比较任何2个选定的序列的相似性，而多序列比较对在Worktable
中所有序列进行比较。在我们入门的第一个部分中，我们将介绍使用2
不同的种类的配对比较方法。我们将从创建一个MegAlign文件，输入两
个histone序列开始。
l 从文件菜单，选Enter Sequences打开Enter Sequences对话框。
l 从你DNASTAR文件夹中的
“Demo MegAlign,”文件
夹，双击打开“Histone
Sequences.”文件夹，左
上两个序列是我们选用的
序列。
l 单击TETHIS21，点击Add钮。单击TETHIS22，点击Add钮。现在2序列
将出现于右面的窗口。
l 单击Done把序列输入Worktable。
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l 从OPTIONS MENU，使用Size 命令增加Worktable的字形大小直到可
以看清楚。
序列设置
下面我们练习subranging输入的histone序列。设置序列的末端在我们
这个例子中并不重要，但是当两个序列匹的全序列匹配不太好，或是蛋
白质和DNA的混合序列时就变得非常重要了。 后者要求每个DNA序列都必
须是给出正确的翻译读框。 序列设置可以通过给定末端位置手动操作设
置，也可以通过特定标注的feature进行。这里，我们将使用histone
H2B-1的CDS进行操作。
l 点击选中（TETHIS21）。
l 从OPTIONS MENU，选Set Sequence Limits，接着，从Feature Table
打开右面的序列末端设置窗口。
l 顶端的histone
H2B-1-- CDS feature
已经选定。 下面显示的
是选定序列的特点名
字和范围。
l 单击Change the Rest用相同的feature设置第二histone序列。你将
自动回到Worktable，这时，设置后的序列就出现了。
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配对比较（Pairwise Alignment）
MegAlign提供各种配对比较方法。我们序列是DNA，我们可以用的方法
是Wilbur-Lipman，Martinez-Needleman-Wunsch和Dotplot。在这入门
中，我们在使用Wilbur-Lipman的方法。
l 同时选中两个序列。
l 从ALIGN MENU中的One Pair选择Wilbur-Lipman方法。
l 使用默认参数进行比较，点击OK。
l MegAlign计算队列，然后在另一个窗口显示比较结果。
窗标题展示相似指数
（所右匹配残基的百
分比），缺口数目，
全的缺口长度和一致
序列长度。我们可以改变标志颜色来区别匹配和不匹配的序列。
l 单击队列调色板工具（有“x”方框图标），打开下面的队列颜色编
辑读化框。
l 单击深蓝色的方框，接着点击Match Color右面
的黑色方框，他就变蓝了。所有和一直序列一样
的碱基都立即变成深蓝色。如此重复可以改变不
匹配的序列的颜色。
l 另外，还可以通过选定或不选彩色选择方框下面的方框查看队列窗
口中队列的变化。如你单击Vertical Bars，则匹配序列间的碱基变
成了垂直的棒。
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使用点划分方法（Dot Plot Method）
点划分方法是先把要比较的序列叠加起来， 然后计算匹配不当的数
目。
l 同时选定两个序列。
l 从ALIGN MENU中的One Pairl里选
择Dot Plot打开右面的窗口。
l 单击OK用默认的参数进行比较。
MegAlign计算结果会在另一个窗
口显示出来。
每个匹配都与特定的一组残基有特定的相似性 （两个都设计在参数对话
框中），Dot Plot窗口中展示为蓝色。从左侧末端开始的红色斜线，表
示两个序列比较的位置。
l 双击任意一条蓝色的线会打
开左面的窗口，其中显示所
选定的序列的比较结果。
多序列比较
为了在MegAlign中进行多序列比较， 我们选择一个含有十四个相关的钙
调蛋白序列的文件进行操作。使用这个大的数据库我们可以制作进化
树，了解MegAlign的其他特性。
首先，我们要创建一个包括14 calmodulin序列的新文件：
l 从文件菜单，选Open打开DNASTAR文件夹的“Demo MegAlign”的文
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件夹。
l 双击打开“Calmodulin Alignment”。
l 从OPTIONS MENU，使用Size命令增加字体大小到看得清楚为止。
现在我们需要选MegAlign’ s的两个多序列比较方法中的一个进行操作：
Clustal或者Jotun Hein。如果已知序列有一定的同源性，我们推荐使
用Jotun Hein，并且，如果有关序列相关性的背景未知，可以选择
Clustal。我们使用的序列已知全部是calmodulins，所以，我们使用
Jotun Hein方法。
在我们实行队列之前，我们应该选择一个权重表。MegAlign’s残基权
重表用于对多序列比较进行评分，这样那些虽然残基不匹配，但残基化
学性质相似的序列的评分要比化学性质不相似的序列的评分要高。 我们
的序列是蛋白质，并且我们将使用Jotun Hein方法，所以“Structural”
表是最好的选择。
l 从ALIGN MENU选择Set Residue
Weight Table打开左面的窗口。
l 从上面的下拉菜单选择
Structural。单击同意。
现在我们可以比较我们的
calmodulin序列了。
l 从ALIGN MENU选择Jotun Hein Method。
l 队列进程窗显示比较完成的百分比。
l 当队列完毕，Worktable会显示队列的
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结果。
l 通过VIEW MENU中
的Sequence
Distanc查看序列
的差别和相似性
（如左）。
l 通过VIEW MENU中的Residue Substitutions查看残基的替代数目 （如
右）。
l 为了继续，关上Residue
Substitutions and
Sequence Distances窗口。
Phylogenetic Tree查看
l 通过VIEW MENU中的Phylogenetic Tree打开下面的窗口。默认为
Balanced Branches调色板（从顶端第3）。在phenogram中，距离长
度近似。
l 为了用
cladogram查看
结果，单击
Unbalanced
Branches调色板工具 （从顶端第4）。 在cladogram中， 枝长度 （branch
length）是与祖先的节差异的评估。
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l 为了继续这入门，关上Phylogenetic Tree窗口。
查看队列报告
队列报告以序列显示比较的结果。
l 通过VIEW MENU中的队列
报告命令（Alignment
Report）打开报告窗口。
l MegAlign允许你改变队
列报告的外观。从
OPTIONS MENU中选择Alignment Report Contents打开右面的窗口，
选定第3-7和第9个方框，其它不变。
l 单击同意，更新报告。
创建Decorations和Consensi
另外，我们可以通过加入“decorations”和“consensi.”来优化展示
的效果。Decorations包括加框、加阴影和隐藏。在这节中，我们将给
那些与一致序列不一致的氨基酸加阴影。
l 从OPTIONS MENU选择New
Decoration来打开在左
边显示的对话框。
l 在题目框中，输入类似“Shade disagreements with consensus.”
的名字。
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l 下一个排包括3下拉的菜单。选择第一个下拉菜单中的“Shade“，
中间菜单的“residues differing from”。第3个菜单不变，默认
为Consensus。选择第一个下拉菜单中的“Shade“后，会激活其下
面的另外两个下拉式菜单。
l 从上边的菜单选择颜色，从下面的菜单选择阴影的样式。
l 距离单位框不变，为“0.”。
l 单击同意，现在队列报告中所有与一致序列不一样的残基全都被加
上了阴影（如下）。
Consensi是一致序列的另外一种图形展示方法，可以用来标志
ambiguous残基。另外，序列中一致和不一致的残疾可以用直方图在队
列报告中展示。当在某个位置上，任何一个序列的残基与其他序列不一
样时，一致序列就会以星号表示。并且用直方图的长短显示其中一致残
基的多少。
l 从OPTIONS MENU，选择New
Consensus打开右边的对话框。
l 在题目框中，输入诸如“All
sequences matching potato.”
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的名字。
l 下面有4个下拉菜单。在第一个菜单选择Potato Calmodulin。其他
的菜单不变：When all match； the template residue 和 show the
template residue。
l 在右边框“otherwise show,”中输入星号（＊）。
l 选定“Strength.”框。
l 单击同意，就把
新的一致性设定
应用于打开的队
列报告了。
l 最终的报告如左
图显示。彩色直
方图可以显示新的一致序列的强度。
保存MegAlign文件
l 从文件菜单，选保存。
l 确定文件夹的保存位置。
l 在文件名框（视窗）或名字框（苹果计算机）中给序列命名。
l 单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。
l 对队列和队列报告的变化都被保存了。
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从PrimerSelect开始
PrimerSelect 能够帮助你设计 PCR， 测序和交杂实验所使用的引物
和探针。输入你的 DNA，RNA 或反向翻译的蛋白质模板序列后，
PrimerSelect 就可以在 pentamer 窗口计算序列的融解温度，自由能和
末端自由能。您可以通过控制包括引物浓度、盐分和.G 计算温度等参
数来限定计算结果。
在模板处理后，PrimerSelect 按照用户定义的参数确定引物的位
置，并给引物评分，然后筛选出模板序列上的最佳引物序列。引物
“workbenches”允许你修改你的引物，检查参数编辑对翻译读框，二
级结构，错误的引物位置和限制性酶切位点的影响。如果你选择并优化
了你的引物，PrimerSelect 可以让你建立有关模板，引物，扩增的文
件。和全部 Lasergene 的应用程序一样，PrimerSelect 也提供整合的
BLAST 查找功能。
如果在使用这软件中需要帮助， 可以和 DNASTAR 联络。 电话：（608）
258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@，
或者经.
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内容
创建PrimerSelect文件
定义引物特点
查找引物对
浏览其他的引物信息
按特征对引物分类
引物长度改变
在引物中引入突变
设计新引物
使用寡核苷酸订购表格
保存 PrimerSelect 文件
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创建PrimerSelect文件
我们将以克隆载体 pBR322 为模板 DNA 序列。在这一节中，我们选择引
物，用来扩增位于 2013-2169 位的 H-strand Y effector。首先我们从
打开模板序列开始。
l 从文件菜单选择 New 创建一个 PrimerSelect 文件。
l 从文件菜单，选择输入序列（Enter Sequence）。打开下面的对话
框。
l 从“Demo Sequences”
选中 （视
窗口）的文件，或者
PBR322 （苹果计算机），
单击 Add 添加序列到右面的窗口。然后点击 Done 打开序列。
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定义引物特点和位置
下面我们开始确定引物的类型。
l 从条件菜单（CONDITIONS MENU），选择 Primer Characteristics
打开左面的对话框。这对话框
可以用来设定各种参数诸如：
引物长度、 最大的 3’ pentamer
稳定性和可接受的重叠。注意
默认的引物长度为 17-24 bp，
并且1或2 bp的二聚体和发卡
样重叠示可以接受的。
l 不改变默认设定和单击 Cancel 退出。
l 从条件菜单，选择 Primer Locations 打开右边对话框。这个对话框
允许我们根据给的序
列的长度来限制引物
的位置。
l 从下拉菜单的
Restrict Locations
中选择 Upper and Lower Primer Ranges。当在全序列中设计编码
区的 PCR 引物时，这是最好的选择。
l 在 Upper Primer Locations 右面的方框中输入 1700 和 1950。在
Lower Primer Locations 右面的方框中输入 2250 和 2500。
l 单击同意，会出现下面的窗口。成对的绿色和红色的三角形分别标
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记所设定的正向和反向引物的范围。
寻找引物对
现在我们已经指定什么种类的引物对是
可接受的， 剩下的工作就是让 PrimerSelect 为我们寻找理想的引物对。
l 从 LOCATE MENU 选择 PCR Primer Pairs。打开一个二分窗口，上面
窗口中显示计算机寻找到的 28 对理想引物对， 引物对按照评分值依
次排列。因为调色板工具中的 Alternate Pairs 被默认激活 （在窗
口左面工具中），所以底部窗口显示的是上面窗口选定的引物对的
替代引物对一览表。
l 通过拖动在窗口的右侧上的小环拉开建议窗口，可以查看
PrimerSelect 对选定引物的建议。
注意现在的“Best choice.”是 PrimerSelect 根据在最初的条件中设
定的参数计算得到的。看下面的窗口，PrimerSelect 列出了“Best
choice”引物对的 25 替代选择。这些替代的引物对扩增的区域和上面
选定的引物一样，所不同的是他们的序列有些不一样。
l 选择调色板工具中的 Alternate Products（左侧工具底部），下面
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窗口显示引物的位置和可能错配的位置， 以及相应
的产物长度。 左面的那个单一的粗黑棒提示用我们
“Best choice”引物进行反应，会有大量产物被扩增出来。如果没
有多个 5’或者 3’引物箭头也提示这一对引物没有错配点。
l 单击上面窗口里引物对，
观察下面窗口里的产品棒
变得越来越细表示预期的
扩增物也越来越少。
注意有 8 个引物对有错误的配对点，用粉红色或淡绿色箭头指示出来。
第 13 对和第 22 对正向引物有错配点（右边显示），就会用第二条产品
棒的表示错误的产品大小。
查看引物的其他信息
PrimerSelect 能预测引物形成
self-dimers, pair-dimers and
hairpins 的可能性。
l 单击选定“Best choice”引物。
l 从报告菜单（REPORT MENU），选
Amplification Summary，打开左
面的窗口。显示用所选个引物做
PCR 扩增反应的报告。
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l 选择 Composition Summary，
打开右面的窗口，描述扩增区
和引物对的碱基组成。
l 从报告菜单 ， 选择 Self
Dimers，Pair Dimers 和／或
Hairpins 打开新窗口显示每
种二级结构的预测结果。
Self-Dimer 形成窗口如右。
按照引物特点分类
PrimerSelect 在自动将引物按照从好到坏的顺序分类以前，已经计算
了引物的各个特点。Located Primers & Probes 窗口是我们能够根据
引物的不同特点，如引物位置、长度、溶解点或自由能等，来对引物进
行分类。这里让我们用溶解点来分类引物。
l 从报告菜单，选择 Located Primers
& Probes 打开左面的窗口。窗口显
示符合我们标准的引物的一览表。 在
没有特别指定的情况下， 引物按照位
置排列。
l 从 LOCATE MENU 选择 Sort Primers 打开下边对话框。
l 保留对正向和反向引物的选定，去除对 By Position 的选定。选定
By Tm Nearest 方框，输入 65。
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l 单击同意， 现在两个窗
口里的引物按照融解
温度离 65oC 最近的程
度依次排列。
改变引物长度
PrimerSelect’s 工作台允许你在引物中引入限制性酶切位点，突变，
改变使用的密码子，核查引物二级结构，查找错配点。在这一节中，我
们将用正向引物工作台来扩展我们的引物长度。
l 双击选定正向“Best choice”引物。
l 从编辑菜单，选择 Work on Upper Primer 打开下面的窗口。
l 确认 Dimer，Hairpin 和 Priming Sites 调色板工具（窗口左侧从顶
端起的 4-6）已经激活。
让我们仔细查看一下工作台。在窗口
下边的第 3 排可以看见引物序列。序
列两端的三角形“handles”允许你
缩短或者延长序列。在窗口的左上角
的标题告诉我们引物的长度是 23 核
苷酸，溶解温度为 65.5 度；而底部
窗口的绿色棒显示引物在序列上的
大概位置。下面的信息告诉我们没有
大于 2 bp 的二聚体形成，并且引物只能形成一个并不理想的发卡样结
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构。拖动窗口左边的滚动条之间的黑框调整上下窗口的比例。
l 拖动引物左上黑三角形直到长度延伸到 33 核苷酸。
现在引物的长度已经显示在窗口的标题中。引物的溶解温度也增加到
78.6 度，将难以进行 PCR。看下面的窗口有二聚体和发卡形成，并标记
（坏！）。由于长引物容易形成稳定的二聚体和发卡样结构，所以我们
设计的引物经常较短。
l 再一次拖三角直到引物最初的 23 核苷酸。 窗口又和我们开始打开它
的时候一样了。
引物中引入突变
PrimerSelect 工作台可以很容易的在引物中引入突变。我们“Best
choice”的正向引物序列只编码一个苯丙氨酸。在这一节中，我们把读
框 1 的苯丙氨酸通过改变读框中的密码子转
换成苏氨酸。转换完成后我们将可以观察到
我们变化的效果。
l 点击引物下面，读框 1 中绿色的苯丙氨
酸，会出现一个小盒子（如右）。盒子中
显示全部 4 种可能的苯丙氨酸密码子和
词“Other.”标记的 GCC 是这个苯丙氨酸
残基的密码子。
l 选择 Other 会自动跳出一个子菜单，其中显示所有的氨基酸及其代
号，在“T-Threonine.”上点击一下，模板序列上的碱基组成没有
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改变，但是引物序列和其编码的氨基酸（Thr-Ala）发生了改变。
Thr 显示为红色，表明它是从最初的引物序列上突变得到的。查看屏幕
底部的左角，可以看到引物形成了一个稳定的二聚体。我们可以通过给
我们的 Thr 残基做沉寂突变来删除这个不受欢迎的二聚体。 我们试着把
苏氨酸的密码子改变为 ACC。这个密码子与苯丙氨酸密码子（GCC）只
有一个核苷酸不同。
l 单击红的 Thr 残基，从菜单中选 ACC 代替现在的 ACT。
下面的窗口显示从 G 到 A 的单一的核苷酸变化去除了二聚体。另外，正
向引物的融解点已经从 65.5 减少了到 53.7。也许正向引物新的溶解温
度可以与反向引物匹配，但是我们可以找到与之更相匹配的反向引物。
l 在工作台的右上的白色文框输入突变引物的名字。
l 点击窗口左侧顶端的 OK 钮，保存突变的引物。
l 从 LOCATE MENU 中选择 PCR Primer Pairs 更新窗口。新的引物对会
加入窗口中，突变的正向引物用淡绿色的箭头表示。
l 打开建议帘。没有警告的第一个突变引物对是从顶端起的第 11 个。
这一引物对被评定为“OK”，如果我们必须使用突变引物的话，虽
然用它扩增的产品数量不多，但是它却是我们最好的选择。
设计新引物
当你初次打开 PrimerSelect 的时候，引物目录是空的。如果你愿意，
你可以用这个目录来储备任何在 PrimerSelect 中设计或者被修改的引
物。LOCATE MENU 中的 Only Cataloged Primers 指令可以让你在已经
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储存地引物中选择合适的引物供使用。在这一节中，我们学习如何设计
引物并将他们输入目录表的方法。
l 从 LOG MENU 选择 Primer Catalog 打开引物目录表。注意到我们突
变的正向引物已经在目录表中。引物左面的检测标志表明引物处于
激活状态，Ｖ形臂章（>>）（视窗）或子弹（苹果计算机）显示它
已经通过了最初二级结构检测。
l 按回车键创建一个新的引物区。输入“Test Primer”。
l 按 Tab 键。
l 输入“GIANTCATSNABMANYWARYRATS”。
l 按 Tab 键。
l 输入 “ Contains 46%
ambiguous bases”。
l 按回车键结束。引物目录
表应该如右图。
如果我们的引物已经通过了最初二级结构检测， 则引物左侧出现Ｖ形臂
章或枪弹。现在没有Ｖ形臂章或枪弹，说明我们引物测试失败。让我们
核查为什么：
l 从报告菜单，选 Primer Self Dimer，可以看出该引物可以形成 12
对稳定的二聚体。
l 从报告菜单，选 Primer Hairpins，可以看出该引物也可以形成 5
个稳定的发卡。
如同我们预测的那样， 我们序列里的模糊碱基的百分比过高会使得它那
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以用来进行 PCR 反应。
使用寡核苷酸订购表
PrimerSelect 提供两种寡核苷酸订购表： Generic 和 IDT (Integrated
Data Technologies, Inc.)。
l 点击选定正向 “ Best
choice”引物。
l 从 LOG MENU 选择 Oligo
Request Form 中的 IDT 打
开 IDT 寡核苷酸订购表
（如右）。我们反向和正
向引物序列自动输入表
格。 如果我们想定购引物，
我们只需填表打印，然后
传真或用电子信件邮给页
底部的地址即可。
l 从文件菜单，在返回附近
到坐落的引物一对窗口口做选择。
PrimerSelect文件保存
l 从文件菜单，选保存。
l 选定文件的保存位置，命名。
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l 单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。任何对引物，或者引物
目录表的操作都将和文件一起被保存。
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从Protean开始
Protean 可以使用多种方法分析、预测蛋白质结构，并以图形化的
方式展示出来。预测蛋白质结构。各类方法按照科学概念进行分类。几
个方法可以同时存在于一个概念群中， 如用于分析疏水性概念的方法就
有好几种，不过有的概念只有一种方法可供选择，如柔韧性。你可以按
照任何顺序在 Protean 文件上展示各种方法计算的结果。 另外， Protean
可以输入来自蛋白质数据库中标注序列特点，而且允许你注释新特点。
和其他 Lasergene 应用程序一样，Protean 也提供整合的 BLAST 查找功
能。
如果在使用这软件中需要帮助， 可以和 DNASTAR 联络。 电话：（608）
258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@，
或者经.
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内容
创建蛋白质分析文件
Protean’s蛋白质分析方法
应用分析方法
方法参数改变
优化结果显示
使用蛋白酶消化与SDS PAGE
Feature注释
BLAST检索
二级结构模拟
展示滴定曲线
保存分析文件
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创建蛋白质分析文件
这一节，我们将为人的钙调蛋白序列创建一个新 Protean 分析文件。
l 从文件菜单选择 New 打开右面的对
话 框 ， 然后打开名为 “ Demo
Sequences.”的文件夹。
l 双击“Human Calmodulin” (或
“Human ”)，这样
就打开下面的分析文件窗口：
Protean’s蛋白质分析方法
打开序列后就是选择应用方法。 方法结果的图形显示可以帮助你选择感
兴趣序列的特点。对于我们打开的序列，你会发现只有下面方法中的几
个被展示出来了，下列方法都可以使用：
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l Title——给文件取名。
l Ruler——给文件加标尺。
l Sequence——显示序列。
l Protease Map——识别序列上的蛋白酶酶切位点，并且显示酶切图
谱。
l Patterns-Prosite 数据库——在 Prosite 数据库中检索你的序列。
l Patterns-Ariadne 文件——在序列上寻找用户指定的 Patterns。
l 电荷密度——电荷——预测电荷在特定的序列范围上的分布。
l 二级结构——Coiled Coil——预测跨膜区的阿尔法螺旋。
l 二级结构——Garnier-Robson——计算特定氨基酸残基在特定结构
内部的可能性。
l 二级结构——Deleage-Roux——蛋白质的二级结构类型预测。
l 二级结构——Chou-Fasman——通过序列氨基酸残基的晶体结构来
预测蛋白质二级结构。
l Hydropathy－Goldman-Engleman-Steitz－预测可以跨过细胞膜的
非极性阿尔法螺旋。
l Hydropathy－Kyte-Doolittle——根据序列的氨基酸组成预测蛋白
质的疏水区和亲水区。
l Hydropathy－Hopp-Woods－通过计算蛋白质序列上的最大局部亲水
性寻找蛋白质的抗原决定簇。
l Antigenicity－Sette MHC Motifs——预测短肽上与老鼠 MHC II d
型蛋白质相互作用的抗原位点。
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l Antigenicity－AMPHI－根据序列预测免疫优势辅助性 T 淋巴细胞
抗原位点。
l Antigenicity－Rothbard-Taylor－预测含有特定基序（motif）的
潜在 T 淋巴细胞抗原决定簇。
l Antigenicity－Jameson-Wolf－通过联合现有的蛋白质结构预测方
法预测潜在的蛋白质抗原决定簇。
l Amphiphilicity－Eisenberg－预测 Eisenberg Moment。
l 表面可能性——Emini——预测特定区域位于蛋白质的表面的可能
性。
l 柔韧性－Karplus-Schulz－预测蛋白质骨架区的柔韧性。
分析方法应用
应用新 Protean 方法的步骤是：把所用方法从 More Methods 菜单移入
方法帘， 然后拖入分析窗口， 基本上与前面介绍的 GeneQuest 方法相同。
在这一节中，我们将练习使用 Deleage & Roux 分析方法预测蛋白质结
构。
l 从分析菜单（ANALYSIS MENU）选择 Show Available，或拖动分析
窗口左上的小环打开方法帘。方法帘中包括了全部已用于分析你的
序列的方法。
l 你会发现 Deleage & Roux 方法并不在其中。从方法帘的顶端，点击
More Methods 打开下面的子菜单，里面有所有可以使用的方法。从
Secondary Structure 的子菜单中单击 Deleage & Roux，这样
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Deleage & Roux 就进入方法帘。
l 单击方法左边的三角形打开方法
如右，如果有数字挨着图标，说明
该方法已经被用于分析， 否则没有被用于
序列分析， 数字的多少代表方法正在被使
用的次数。由于我们还没有把 Deleage &
Roux 用于序列分析，所以其左侧没有数
字。
l 点击方法左边的空白区域去除对方法的选择。然后单击“Alpha,
Regions,”，并将它拖入分析窗口。预测的蛋白质阿尔法螺旋区域
即展示在分析窗口中。
改变方法参数
下面我们改变 Deleage & Roux 方法的参数，然后看一看参数改变前后
这个方法预测的结果有什末不同。
l 重复上述操作将另一个 Deleage & Roux 方法应用于分析窗口，并将
两个 Deleage & Roux 放在一起。可以看出现在有两个完全相同的预
测结果。
l 双击其中一个会打开一个参数对话框，选择 A + B，单击同意。此
时在分析窗口上，相应的区域由于计算参数的改变立即发生相应变
化。
现在你可以比较两个参数计算结果的差别。（注：此时，如果你把最初
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的方法再用于分析窗口，则改变的参数自动应用于新加入的方法。）
优化结果显示（与GeneQuest相似，这里省略）
使用蛋白酶消化与SDS PAGE电泳
Protean 可以识别蛋白序列上的蛋白酶酶切位点，并将酶切片段的电泳
结果以图形展示出来。
l 从 More Methods 菜单中将 Protease-Protease Map 方法移动到方法
帘。
l 单击挨着方法名字的蓝色三角形查看蛋白酶一览表。点击方法左边
的空白区域去除对蛋
白酶的选择。
l 选择“Chymotrypsin”
和“CNBr.”，将它们
拖入分析窗口。
两种蛋白酶的识别位点显
示如右。现在至少一种蛋
白酶被应用，我们可以模
拟凝胶分离。
l 单击调色板工具中的范围选择器（Range Selector）（箭图标）去
除对应用的蛋白酶方法的选择。
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l 从 SITES & FEATURES 菜单，选择 SDS
PAGE Gel Simulation。酶切片段的分
离结果会自动显示出来（如右）。在
每个上面凝胶柱对应蛋白酶的名字和
分子量。
l 当光标在凝胶上面移动时，你可以随
时查看到相应位置的蛋白质分子量。移动光标到任何片段上。窗口
最上边的标题显示片段的范围，大小，分子量，等电点和 HPLC 滞留
时间。
l 为了继续一节，关上 SDS PAGE Gel Simulation 窗口。
Features注释（与GeneQuest中讲解的相似，这里从略）
进行BLAST检索
Protean 允许你通过因特网或企业内部互联网进行序列数据库检索。
在这一节中，我们将在 NCBI 的 BLAST 服务器上检索与人的钙调蛋白序
列相似的序列。 注意电脑必须与因特网相连接， 否则， 跳过这一的部分，
继续下一部分。
l 单击调色板工具中的范围选择器（箭图标），在序列上选择你想进
行检索的部分。由于我们的序列比较短，所以我们选择全序列进行
比较。
l 从 EDIT MENU 选择 Select All。
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l 从网络检索菜单，选择 BLAST 查找。BLAST 对话框出现（如左），
默认的数据库是 nr。
l 单击同意开始查找。
BLAST 结果显示为一个二分窗
口（如下，结构、内容与相关操作参见 GeneQuest 的 BLAST 结果）。
现在我们选择三个
BLAST 序列 ， 在
Protean 中打开他们。
l 在 BLAST 结果窗
中选择一个结果。
l 单击 Create Document，保存
对话框窗打开（如左）。从保
存的下拉菜单选择 Next（默认
为 Selected）。
l 在“Sequences.”的左边文本框输入数字“3”。
l 单击同意，打开三个新的选定序列的 Protean 的分析文件。
现在关上 BLAST 结果窗。
二级结构模拟
Protean 能够展示诸如螺旋轮，螺旋网和 beta 片层等基本元件的二级
结构。另外， 它能以线性的 space-fill 样模型或者化学公式样模型展
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示蛋白质序列。 在这一节中， 我们做一个阿尔法区域的螺旋轮二级结构。
二级结构 Garnier-Robson 方法已经应用于我们序列，阿尔法螺旋也已
展示出来。选定其中的一个阿尔法区域后，我们就能以螺旋轮展示其二
级结构。
l 单击调色板工具中的范围选择器（箭图标）。
l 点击Protean文件最上边的Garnier-Robson分析结果中的一个阿尔
法区域。
l 从分析菜单 ， 选择 Model
Structures 中的 Helical
Wheel，就会出现左边的二级结
构预测图。
为继续这一节，关上螺旋轮窗口。
展示滴定曲线
下面，我们将查看全蛋白质序列的滴定曲线。
l 单击 Protean’s 调色板工具右边的白色空间。这使得选择回到起始
位置，如果没有选中的序列，
在绘制滴定曲线时，Protean
就会默认是对全序列进行计
算。
l 从分析菜单， 选择 Titration
Curve。
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l 打开序列的滴定曲线窗口（如上）。Protean 会在等电点处加一个
蓝色的“crosshairs”，以显示 pH 和所带电荷。
保存分析的文件（略）。
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从SeqMan II开始
SeqMan II 不仅仅能够将成千上万个序列装配成 contigs，而且在
装配前，可以修整质量差的序列以及从你的序列中清除污染数据，还提
供完善的编辑和输出功能。SeqMan II 可以使用 DNASTAR 独特的跟踪
（trace）品质评价策略，通过对自动测序仪产生的跟踪数据进行评价，
自动生成最精确的一致序列。
装配过程从序列输入开始，输入的序列可以是自动测序仪输出的、
也可以是文本格式或 DNASTAR 序列格式。另外， 你可以从因特网的
Entrez 或 BLAST 服务器输入序列。使用 Preassembly options 中的命
令可以进行包括修整质量差的数据，除掉特定的载体或污染序列等操
作。你甚至可以在装配过程中选择最后加入重复序列。
Contigs 装配完毕后，Strategy View 可以用图形化的方式展示
contig 的范围和质量，并提示你什么地方需要补充序列。在需要的情
况下，你可以加入更多的序列，或其他的 SeqMan II 文件对现有的结果
进行再装配。Alignment View 允许你编辑，修整连续的一致序列，找
回以前修整过的数据，调整队列（alignments）结果。另外， 你可以
查看每一个或所有序列的质量评分。SeqMan II 为你提供自动或手动工
具，帮助你选择是否加入多个 contigs。和其他 Lasergene 应用程序一
样，SeqMan II 也提供整合的 BLAST 查找功能。
如果在使用这软件中需要帮助，可以和 DNASTAR 联络。(联系方式
同上)
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内容
输入序列片段
Pre-Assembly Options操作
检查修整的数据
序列装配
查看范围和构建结果
去除矛盾碱基和缺口
手动修改序列末端
文件保存与序列输出
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输入序列片段
我们将从打开“Demo Seqman”文件夹中的 14 样品序列开始。每个
序列都是自动测序仪（PE Applied Biosystems, Inc.）输出的文件格
式（*.trace）。
l 从文件菜单，选择 New 打开 Unassembled Sequences 窗口和一个空
的未命名 Project Summary 窗口。Project Summary 窗口在你装配
序列之前始终是空的。
l 从 Sequences 菜单选择 Add 打开 Enter Sequences 对话框（如右）。
l 打开“Demo Seqman.”文件夹会出现 14 个序列。这些就是我们将要
装配的序列。
l 把片段序列通过把 Add
All 按钮移到右边的窗
口。现在 14 序列名字应
该出现于右边的窗口
中。单击 Done 按钮。
l Unassembled Sequences 窗口现在会出现这 14 个序列 。
l 通过拖拽其窗口右下角展开窗口，直到你能同时看全部样品名字。
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Pre-Assembly Options操作
在装配前面，你可以考虑进行两三个装配前的选择。你可以从你的片段
中除掉载体和污染序列，优装配顺序，设定片段末端和标记重复序列。
在这一节中，我们将从样品中自动除掉 Janus 载体序列并修整序列末
端。
l 选定全部 14 个序列。
l 在窗口右上的下拉菜单中选择
“Janus”作为 SeqMan I 要寻找的
载体。
l 点击窗口上边的 Trim Ends 按钮打
开右边的对话框。你将注意到在没
有特别指定的情况下，SeqMan II 将用适中的严谨度进行末端修整。
不改变设定退出对话框。
l 单击窗口右上的 Options 按钮。打开下面的对话框，显示全部装配
前的选择一览表。默认设定显示扫描载体，实行序列末端修整，使
用最适当的序列装配顺序。
l 单击 Scan All。报告窗口
将出现， 但是现在可以放到
一旁。在扫描后，你将注意
到 Unassembled Sequences
窗口的 2 中心专栏发生了
变化。现在载体栏显示：载
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体名字前都有一个检测通过的标志， 说明 Janus 载体在全部 14 序列
中都已经检测到了。limits 栏展示新的序列末端，说明载体序列已
经去除，末端修整已经完成。
查看修整的数据
现在我们可以查看在扫描完成的末端修整和载体序列去除的细节报告。
l 从 PROJECT MENU，选
Trim Report 打开左
边的窗口，窗口中显
示：末端修整的参数、
每个序列的名字，平
均质量，被修整的数
量以及修整前和修整
的序列长度。
l 在你查看完报告之后，关上它。
要查看 SeqMan 的修整结果，让我们查看休整后序列的跟踪数据。
l 从 Unassembled
Sequences 窗口，双击
打开 8 号样本， 打开右
面的 chromatogram 窗
口。
从 5’末端起变淡的部分将不会用于序列装配。注意大部分序列修整部
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分优化后的质量。之所以从这里去除，是因为这些变淡的序列是 Janus
载体序列。
垂直的黑的棒出现于修整和未修整的序列之间。 你可以根据需要拖动黑
棒调整用于装配的序列末端。
下面，让我们查看一下序列的 5’末端：
l 单击一致序列的任何地方。
l 从编辑菜单，选择 Go To Position。
l 在位置文本框输入“500”。
l 单击同意。
注意到最好的质量落到这区域上，SeqMan II 认为 507 位以外的序列质
量低于中等水平。
l 检查完跟踪数据后，关上那个窗口。
序列装配
现在我们准备调用序列装配程序。
l 单击 Unassembled Sequences 窗口左上的装配按钮。
Unassembled Sequences 窗口立即
消失，报告窗口显示装配的进度。
装配完整之后，出现左边的窗口，
窗口上边为装配好的一致序列，窗
口下边为所有连续的序列。在我们
例子中，SeqMan II 将 14 个序列装配成为单一的 contig。
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查看覆盖面和构建结果
现在我们已经将所有的片段装配成一个序列，下面我们用 Strategy
View 查看一下其中的矛盾碱基的数量和序列的覆盖程度。这个窗口图
形化的显示了每个片段在 contig 中位置和方向。
l 单击 Project window 中的 contig。
l 从 CONTIG 菜
单 ， 选择
Strategy
View 打开右
边的窗口。注
意标尺下面
的那条带，显示学的覆盖程度。
条带的颜色和厚度代表覆盖序列的数量。 你会看到在大致 200-900 之间
有绿色的较厚条带。这表示两条链都被测序，且高于最小覆盖面临界值
的区域。（覆盖面临界值可以通过 PROJECT MENU-Parameters-Strategy
Viewing 来改变）。中间的蓝线表示只有一条链被测序的区域。。出现
于 contig 两边的细红线表示这个区域只测过一次序。
l 选定窗口左上的 Conflicts box 可以查看片段序列间的一致程度方
型图。方型图大部分为黑色表示只有很少或没有矛盾碱基。蓝色条
带表示矛盾碱基约为 10-20%的区域。
l 点击窗口左侧调色板工具中的 Zoom In（放大镜图标“＋“）。
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l 双击 135 位碱基调入该区域的 Alignment View。样品 9 中的矛盾碱
基用红色表示出来。
l 关上 Alignment 窗口。
去除矛盾碱基和缺口
我们样品序列能够整齐地组装成单一的 contig 是因为 SeqMan II 除掉
了质量差的和载体数据。在一些情况下，为了获得满意的一致序列，必
须去除矛盾碱基和缺口。我们将尝试在 Alignment View 中编辑我们的
序列。
l 从 CONTIG 菜单，选 Alignment View ，打开 Alignment View 窗口，
上边为一致序列，下边为连续的序列。
l 从编辑菜单，选 Find Conflict，然后点击 Find Next。光标将迅速
跳到 102 位。单击底部的 Find Next 按钮（>>），光标跳到 306 位。
样品 7 在这这个位置右一个“T”，而全部其他的样品都是缺口。我
们可以通过查看样品 7 的跟踪数据去除这个矛盾碱基。
l 选定样品 7 的 302～310
区域。
l 单击样品 7 名字左边的灰
色的三角形，则显示出其
跟踪数据，出现右面的
Alignment View 窗口。
l 点击 Zoom In 查看 chromatogram 细节。
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跟踪数据表明样品 7 里的“T”与其左边的“A”一样可能是人工造成。
从一致序列可以看出 SeqMan II’s 的 trace 品质评价标准自动忽略了
这些可疑的碱基。因此没有必要手工删除这些碱基。不过从学习的目的
出发，我们将用缺口替换“T”，并从一致序列中除掉缺口栏。
l 选定“T”，输入缺口（连字符）替换它。
l 单击一致序列的任何地方，接着从编辑菜单，选 Remove Consensus
Gaps，306 位的所有缺口都不见了。或者你也可以选定一致序列里
的缺口，按退格键（视窗口）或删除键（苹果计算机）即可。
手动修改序列末端
在装配我们的 dcontig 之前，SeqManII 可以根据 trace 数据的质量和
Janus 载体序列自动的进行末端修整。虽然有足够的数据可以用来把序
列装配成单一的 contig，但是也会存在这样的情况，即当我们找回修
整过的数据时，SeqMan II 可以在单一的 contig 中加入多个 contigs。
在这一节中，我们将学习从已经打开着的 Alignment View 用手工找回
修整过的末端的方法。
为了区分修整过和没有修整过的数据， 我们给修整过的数据加一个有颜
色的背景。
l 从 PROJECT MENU，选
参数中的 Editing &
Color 打开左边的对
话框。
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l 确认 Use Weight Color 已经被选用，然后单击同意。你用手工找回
修整去掉的数据时，你会发现这些找回的序列有明亮的黄色的背景
出现。
如果修整完毕，则 Alignment View 中在序列的左边会有一个黑色的垂
直棒，右边有一个小的黑三角形。这一节，你可以选 14 个序列的某一
个。
l 要找回修整去掉的序列末端， 只需把垂直棒向序列的两端拖动即可，
可以看见以前修整去掉的序列有明亮的黄色背景。当你找回了修整
去掉的载体序列时， 你会发现即使修整去掉的序列的峰型仍然很好，
但是其中也已经有
很多碱基（红色显
示）与您的一致序
列不一样了。在你
的文件中不应该留
有这样的数据。也
许对组装 contigs 有用的数据是那些由于序列的峰型质量较差而被
修整去掉的那些序列。
l 拖动竖线将序列恢复到原来修复的位置。
文件保存与序列输出
保存 SeqMan II 文件：
l 从文件菜单，选保存。
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l 选择文件保存的位置，命名。
l 单击保存，则以上所有操作的结果都保存进文件中了。
只保存一致序列：
l 选定Project Summary window, the Alignment View或the Strategy
View 中一个或多个 contigs。
l 从 CONTIG 菜单 ， 选 Save
Consensus 中的 Single File
打开右边的对话框。
l 选择文件保存的位置，命名，
确定保存类型（你可以选择
DNASTAR，GenBank 或 FastA 格
式中的任何一个）。
l 选定 All and Add Features，不选 Include Gaps。这样就将完整的
一致序列，以及 contig 构建的相关信息全都保存了，同时去除了一
致序列中的所有缺口。
l 单击保存，保存序列。
输出编辑后的片段序列：
l 在 Project window 中选定你要输出的序列。
l 从 CONTIG 菜单，选输出序列。
l 这个命令与保存一致序列的命令一样，允许你以三种格式保存你的
序列。
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