2024年4月10日发(作者：)

生物信息学上机实验四 用DNAMAN软件设计PCR引物

一、目的要求

DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种

普遍使用的DNA 序列分析工具。

通过本实验，使学生掌握PCR引物的设计方法。

二、实验准备

DNAMAN的使用说明书（word文档）一份、DNAMAN软件5.2.2版本、实验分析所用

的4个序列见下面。

三、实验内容

1、 将待分析4个序列装入4个Channel，熟悉Channel的使用方法

2、 显示 “

序列（2）”的反向互补序列、互补序列、反向序列

3、

分析

“

序列（3）”的限制性酶切位点

4、设计一对引物扩增

“

序列（1）”中的微卫星重复区域

四、作业

将上述前5项操作所得结果保存到电脑桌面，发到xiaopingjia@

（1） CCAGATGAGCGTGCGTTCGTTCCACGTACGTGTGCTGTGTGAGACGACACATCT

GCACCTGCACGTCAGCACGTACGTGCACCCGGTATGTGTGCGCGTGTACTTGTGT

GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAGATGAGGCCGGATTCAGGA

GCTGCGAGCTCATAGGCCACAGTCACAGAATTGCAACGGTACTTCAGTTCAGTCA

TCTCCTAGTCCTTGAGAG

（2） GGAAAAAAGATACGTATGTACATATACGTGTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT

GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGCAAAGA

CATTGATATTGTTGCTGGTGGCGAGGTTGATGCGCACAGCTCACTCCCGCGCTGA

CTGACACG

（3） GGTCAGCAGAAAGCATGCCGTAGTCAAACGATCGACCTAGCTAGTAGCAGTGTG

TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT

GTGTGTGTTTTGCAAAAACCTAGACCTTAGCAGCCTAG

（4） CCTGATTTGGATCCAACAAAATGCATTTGACCATATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG

TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCACAGTCACAGAATTGC

AACGGTACTTCAGTTCAGTCATCTCCTAGTCCTTGAGAG

（2）题 SEQ DNAMAN2: 172 bp;

Composition 57 A; 62 C; 22 G; 31 T; 0 OTHER

Percentage: 33.1% A; 36.0% C; 12.8% G; 18.0% T; 0.0%OTHER

Molecular Weight (kDa): ssDNA: 52.42 dsDNA: 106.04

COLOURS

sequence = 1

features = 0

ORIGIN

1 CGTGTCAGTC AGCGCGGGAG TGAGCTGTGC GCATCAACCT CGCCACCAGC AACAATATCA

61 ATGTCTTTGC TTCACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA CACACACACA

121 CACACACACA CACACACACG TACACGTATA TGTACATACG TATCTTTTTT CC

SEQ DNAMAN2: 172 bp;

Composition 57 A; 62 C; 22 G; 31 T; 0 OTHER

Percentage: 33.1% A; 36.0% C; 12.8% G; 18.0% T; 0.0%OTHER

Molecular Weight (kDa): ssDNA: 52.42 dsDNA: 106.04

COLOURS

sequence = 1

features = 0

ORIGIN

1 CCTTTTTTCT ATGCATACAT GTATATGCAC ATGCACACAC ACACACACAC ACACACACAC

61 ACACACACAC ACACACACAC ACACACACAC ACACACACAC TTCGTTTCTG TAACTATAAC

121 AACGACCACC GCTCCAACTA CGCGTGTCGA GTGAGGGCGC GACTGACTGT GC

SEQ DNAMAN2: 172 bp;

Composition 31 A; 22 C; 62 G; 57 T; 0 OTHER

Percentage: 18.0% A; 12.8% C; 36.0% G; 33.1% T; 0.0%OTHER

Molecular Weight (kDa): ssDNA: 53.79 dsDNA: 106.04

COLOURS

sequence = 1

features = 0

ORIGIN

1 GCACAGTCAG TCGCGCCCTC ACTCGACACG CGTAGTTGGA GCGGTGGTCG TTGTTATAGT

61 TACAGAAACG AAGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT GTGTGTGTGT

121 GTGTGTGTGT GTGTGTGTGC ATGTGCATAT ACATGTATGC ATAGAAAAAA GG

（3）题 Restriction analysis on DNAMAN3

Methylation: dam-No dcm-No

Screened with 180 enzymes, 19 sites found

AluI AG/CT 1: 40

BbvI GCAGCNNNNNNNN/ 1: 151

BsaOI CGRY/CG 1: 32

Bst71I GCAGCNNNNNNNN/ 1: 151

DdeI C/TNAG 1: 135

DpnI GA/TC 1: 31

Fnu4HI GC/NGC 1: 140

MaeI C/TAG 4: 37, 41, 129, 144

MboI /GATC 1: 29

NlaIII CATG/ 1: 17

NspI RCATG/Y 1: 17

PvuI CGAT/CG 1: 32

Sau3AI /GATC 1: 29

SphI GCATG/C 1: 17

TaqI T/CGA 1: 32

XorII CGAT/CG 1: 32

List by Site Order

17 NlaIII 31 DpnI 37 MaeI 140 Fnu4HI

17 SphI 32 TaqI 40 AluI 144 MaeI

17 NspI 32 PvuI 41 MaeI 151 BbvI

29 Sau3AI 32 BsaOI 129 MaeI 151 Bst71I

29 MboI 32 XorII 135 DdeI

Non Cut Enzymes

AatII Acc65I AccI AccII AccIII AclI

AcyI AflII AflIII AgeI AhaIII Alw26I

Alw44I AlwNI ApaBI ApaI ApaLI AscI

Asp718I AsuI AsuII AvaI AvaII AvrII

BalI BamHI BanI BanII BbeI BbvII

BclI BglI BglII Bpu1102I BsaHI Bsc91I

BsiI BsmI Bsp1286I Bsp1407I BspHI BspMI

BspMII BssHII BstD102I BstEII BstNI BstXI

Bsu36I Cfr10I CfrI ClaI Csp45I CspI

CvnI DraI DraII DraIII DrdI EagI

Eam1105I Ecl136II Eco31I Eco47III Eco52I Eco56I

Eco57I Eco72I EcoHI EcoICRI EcoNI EcoRI

EcoRII EcoRV EheI EspI FnuDII FokI

FseI HaeII HaeIII HgaI HgiAI HhaI

HindII HindIII HinfI HinP1I HpaI HpaII

HphI I-PpoI KpnI MaeII MaeIII MboII

MfeI Mlu113I MluI MnlI MscI MseI

MspA1I MspI MstI MstII NaeI NarI

NcoI NdeI NheI NlaIV NotI NruI

NsiI NspBII PacI PflMI PinAI PleI

PmaCI PmeI PpuMI PssI PstI PvuII

RleAI RsaI SacI SacII SalI SapI

SauI ScaI SciI ScrFI SduI SfaNI

SfiI SgrAI SmaI SnaBI SpeI SplI

SpoI SrfI SspI SstI SstII StuI

StyI SunI SwaI ThaI Tth111I Tth111II

VspI XbaI XcmI XhoI XhoII XmaI

XmaIII XmnI

Restriction sites on DNAMAN3

MaeI

AluI

MaeI

XorII

BsaOI

PvuI

TaqI

NspI DpnI

SphI MboI

NlaIII Sau3AI

1 GGTCAGCAGAAAGCATGCCGTAGTCAAACGATCGACCTAGCTAGTAGCAGTGTGTGTGTG

CCAGTCGTCTTTCGTACGGCATCAGTTTGCTAGCTGGATCGATCATCGTCACACACACAC

61 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTT

ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAA

MaeI

MaeI DdeI Fnu4HI

121 GCAAAAACCTAGACCTTAGCAGCCTAG

CGTTTTTGGATCTGGAATCGTCGGATC

（4）题

Primer List

29 CGTGTGCTGTGTGAGAC 51.9癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈

30 GTGTGCTGTGTGAGACG 51.9癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈

32 GTGCTGTGTGAGACGAC 50.7癈 and 224 GGAGATGACTGAACTGAAG 50.1癈