2024年5月5日发(作者：)

北京科技大学版，只供学习交流

Ubuntu中lammps串并行安装带reax/meam/poems全解读

（本lammps在Ubuntu13.04下安装亲测多次，其余版本类似或相同）

目 录

1并行安装普通lammps包 ............................................................................................................. 2

1.1下载需要的安装包 ............................................................................................................. 2

1.2检查机器是否已经安装c和fortran编译器 .................................................................... 2

1.3安装fftw ............................................................................................................................. 3

1.4安装mpich .......................................................................................................................... 3

1.4安装lammps ....................................................................................................................... 4

1.5安装lammps后并行运算example .................................................................................... 7

2特殊lammps库安装包的编译 ..................................................................................................... 8

2.1关于lammps库文件的说明 .............................................................................................. 8

2.2关于lammps库文件安装包的查看 .................................................................................. 9

2.3 lammps中reax安装包的编译(串行) ................................................................................ 9

2.4 lammps中meam和poems安装包的编译(并行) .......................................................... 13

3 VMware虚拟机给ubuntu安装Vmware tools .......................................................................... 17

4 关于ubuntu更新源地址问题 .................................................................................................... 17

5 关于ubuntu版本的说明 ............................................................................................................ 18

常用的几个ubuntu命令：

sudo nautilus; 获取访问系统文件夹的权限；

cp; 文件复制；

mv; 文件移到；

cd; 打开文件；

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1并行安装普通lammps包

1.1下载需要的安装包

(1) ，可以到这里下， /，当然更高版本的也

可以，如最新的，但是后面安装过程要把fftw2改成fftw3。

（FFTW是计算离散Fourier变换（DFT）的快速C程序的一个完整集合，它可计算一维或

多维、实和复数据以及任意规模的DFT。FFTW还包含对共享和分布式存储系统的并行变

换。FFTW由麻省理工学院计算机科学实验室超级计算技术组开发。）

(2) mpich2_, 可以到这里下， /downloads/ ，当然更高

版本的也可以，如最新的，但是后面安装过程要把mpich2改成mpich3。

（通过安装MPIICH构建MPI编程环境，从而进行并行程序的开发。MPICH是MPI（Message-

Passing Interface）的一个应用实现，支持最新的MPI-2接口标准，是用于并行运算的工具。）

(3) , 版本号28 Jun 2014，/

（LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，可以翻译为大规模

原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。）

1.2检查机器是否已经安装c和fortran编译器

Linux一般有gcc，g++，gfortran和intel的fortran ,可以在终端中用which g++和which

gfortran查看是否存在安装目录。（注意后文中所有用黄色突出显示的都是在终端中输入的）

这里用ubuntu源里的g++和gfortran，保证联网的情况下用以下命令：

sudo apt-get install build-essential

sudo apt-get install g++

sudo apt-get install gfortran

其中gfortran是fortran编译器包，而build-essential是GNU c/c++命令行编译器包，安装后

可用下面命令测试一下。

查询g++是否安装：

whereis g++

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