化学搜索及通过ChemDrawExcel导出SD格式文件

2023年11月23日发(作者：)

化学搜索及在ChemDraw/Excel导出SD文件

嵌入在的插件使得创建可编辑化学式的电子表格成为可能

ExcelChemDraw

作者

: Jesse Gordon

公司：

CambridgeSoft Corporation

嵌入在的插件 使得创建可编辑化学式的电子表格成为可能。但事先必须以正确的方式创建表格，才能实现化学搜索或导出文件的

EXCELCHEMDRAWSD

功能。特别是将“”作为栏标题是实现两种功能的关键。这篇文章介绍了如何使用这两种功能。

Structure



创建

ChemDraw/Excel



以文件导出

SD



在中进行化学搜索

Excel

这篇文章使用的例子可以在英文版页面底端下载，这样您就可以亲自尝试这一功能。截图中使用的是版的，但文章中也会说明在

2003Microsoft Excel

Microsoft Excel 2007 CDXChemBioDraw Ultra 12.0UltraPro

如何使用这一功能。下载文件中的文件是使用版本创建的，但同样适用于早期版本或是非的版本（

或）。下文将更详细的说明中的功能。

StdChemDraw/Excel

创建

ChemDraw/Excel

可以作为的插件使用，但使用这个功能前需要进行设置。同样的，如果想要导出文件或搜索化学结构式也需要设置。设置的步骤如下

ChemDrawExcelSD:



无论您安装哪种版本的，主菜单中会出现“”的菜单选项（“”显示的是您目前安装的版本，这里我们

ChemDrawExcelChemOffice11ChemOffice11

使用“”作为例子），如果主菜单上没有出现这一选项，请按照如下步骤进行设置：

ChemOffice11



在版本中激活插件，选择菜单栏中的之后添加对话框中的或选项。

Excel 2003ChemDrawTool>Templates and Add InsChemOfficeChemDraw

“”出现在主菜单的选项中。

ChemOffice11



创建，选择主菜单中的当然您仍然可以使用菜单栏的来创建一般的工作表

ChemDraw/ExcelChemOffice11>New ChemOffic Worksheet(File>New)

这一插件的激活在版中有所变化，下面我们也会用截图的方式详细说明在版本中激活这一插件的方法。

Excel 200707

图 在中安装插件

1. Excel2007

1.

单击窗口左上角的“”；在出现的菜单栏底端选择“”选项。然后单击窗口左侧的“”（图

Excel 2007Microsoft Office ButtonExcel OptionsAdd-Ins

2.Add-Ins1ChemDrawExcelAddIn ChemDrawExcel12 ChemDrawExcel12 Functions

3.ManageExcel Add-insGo

4.2Chemdrawexcel12 ChemDrawExcel12 Functions

5.ChemDrawChemDraw12

1

）。

在“”对话框中，如图所示选中“”，“”或者 “”中任意一个。

在“”中选择“”然后单击“”。

如图所示，在出现的对话框中将“”和 “”两个选项选中。

的功能出现在菜单下。

图 的对话框

2. ExcelAdd-in

在菜单下可以看到“功能函数”的列表，如下图所示这些功能被分类显示，如果想看全部功能，可以到主菜单中选择

ChemOffice12ChemDrawInsert >

FunctionChemDraw Functions

，然后选中“”。

ExcelChemDraw

中的功能函数

可以根据化学物质的系统名或惯用名生成器化学结构式。一般来说，比起创建一个新的，常用的方式是转换一个已存

ChemDraw/ExcelChemDraw/Excel

在的表格。这一功能只在有“”功能的版本中才能实现。有此功能的版本有

Name=StructChemDraw Ultra, ChemBioDraw Ultra, ChemBioViz Ultra, ChemOffice

UltraChemBioOffice Ultra

及。

要转换已存在的表格：

选择一个一般的工作表，选择菜单栏中的。

1.ExcelChemOffice11 > Convert Worksheet

【注意】转换功能并不改变工作表的名称，所以可以根据需要手动修改表格名称。

【注意】“”功能是在原位置转换化学结构式，因此如果您想保留原有的名称，请将名称复制到新一栏中进行转换。

Name=Struct

选中分子的名称，然后在菜单上选择选项。

2.ChemOffice11>Convert>Name to Molecule

如果有的名称不能被转换成化学式，会出现一个对话框提示我们转换失败。一般来说这是由于分子名称输入错误引起的。

【注意】通过“”功能转换结构式时，为了避免转换时间过长，默认条件下转换后的分子式并不显示。因此转换后好像什么都没有发生。

Name=Struct

下一步会介绍如何显示分子结构。

想显示分子结构，选择主菜单上选项，分子的结构式就被显示出来，如图所示：

3.ChemOffice11 > Picture > Show3

图 将一般的转换成

3. ExcelChemDraw/Excel

支持导入文件。文件可以从中的数据库创建或从您单机版的的数据创建，也可以通过搜索在线数

ChemDraw/ExcelSDSDChemBioFinderChemFinder/Office

据库导出。在下面的例子中，我们用的功能将在数据库搜索的“”的结果导成文件：

ChemACXoutputvitaminSD



用上面所述方法创建一个。

ChemDraw/Excel



导入数据：在主菜单中选择。在这个例子中，我们导入名称为的

SDFChemOffice11 > Import / Export > Import TableVitamins_from_SD

文件。



我们导出了所有能够从数据库获得的信息，如最后列分别是产品名称（），供应商名称（）以及包装信息

ChemACX3product namessupplier names

（）。

packaging information



如果想显示“”栏中的分子结构式，可以选择菜单上的选项，分子式就如图被显示出来。

StructureChemOffice11 > Picture > Show4

图 向中导入文件

4. ExcelSD



【注意】这些结构从文件导入时并未附带其名称，只是以“”（图）这样的序列名称显示，您可以在表格中为其添加名称。

SDStructure154Excel

也可以与配合使用。毫无疑问您可以按照上面所述方法将数据以格式从中导出，不过您也可以直接将

ChemBioFinderChemDraw/ExcelSDFChemBioFinder

ChemBioFinderChemDraw/Excel

导入到表中：



在打开文件。在这里我们使用“”作为例子，这个文件需要“”数据库作为支持。此数据是从导入

ChemBioFinderChemACX

到中的（这里用到的文件和文件可以在英文版页面下载）。

ChemBioFinderCFXMDB



选择菜单栏上的（文件将以的格式打开）。

File > Export > To ChemDraw for ExcelExcel



有的版本默认的是隐藏结构式，您可以在表中选择来显示他们。如图所示：

ExcelChemOffice11 > Picture > Show5

图 从直接导入到

5. ChemBioFinderChemDraw/Excel



【注意】从导入到的数据，分子原有的名称是随结构式一同导入到“结构”一栏中的，而从文件导入的数据则不

ChemBioFinderChemDraw/Excel SD

能显示分子原有的名称。

我们已经知道了如何将数据导入到中，现在我们来看看如何从导出文件。导出的文件可以在或识别

ChemDraw/ExcelChemDraw/ExcelSDChemBioFinderSD

文件的其他程序中使用。

导出文件

SD

可以直接导出文件。但有几个需要注意的问题。具体见下：

ChemDraw/ExcelSD



请确保显示化学结构式的一列以“”作为标题。如果不是，选项就不会被激活（呈灰色）。结构列

StructureChemoffice>Improt/Export>Export table

中的第一个单元不能为空，否则“选项”也不会激活。

Export table



选择结构列（一列），单击， 选择一个输出名字，这里我们命名为。

StructureChemoffice>Improt/Export>Export tableLipid_One_



导出的文件可以在或其它程序中打开，用打开导出的文件如图所示：

SDChemBioFinder, ChemDraw/ExcelCambridgeSoft ChemDrawSD6

图 在中打开从的“”列导出的文件

6. ChemDrawExcelStructureSD



您也可以将多列数据导出到文件中。然而在版本中，您不能使用“全选（）”功能来选择全部数据（中可

SDChemDraw/Excel 11.0 Select All12.0

以），不过您可以手动选择全部数据导出到文件。

SD



“”是从原文件中将全部数据导出的文件，手动选择全部数据（列为第一列），按照上面的步骤选择菜单栏的

Lipid_Five_SDStructure

ChemOffice11 > Import / Export > Export Table

将文件导出。



上一步导出的文件可以用打开。打开程序，选择菜单栏的，然后选择

SDChemBioFinderChemBioFinderFile > New > Blank formFile > Import >

SDfileLipid_Five_.7

，选中“”文件，我们可以看到如图所示的数据。

图 在打开从导出的文件

7. ChemBioFinderExcelSD

【注意】“”作为文件的一部分在导入过程中自动添加到文件当中；但这个名称并不是来源于原中的数据。上图中右侧四个非结构

MolFileNameSDExcel

栏中的数据则是由导入的。

Excel

因此，可以只导出结构数据也可以连同结构数据导出与之相关的其它数据。而导出的文件可以被，和其

ChemDraw/ExcelSDChemBioFinderChemBioDraw

他系列软件打开，也可以被支持格式的其它程序使用。

CambridgeSoftSDF

Excel

中的化学搜索

在中搜索化学结构与文件的导出有着相似的规则。您只能在名为“”的一列中搜索。这部分内容将说明在名为

ChemDraw/ExcelSDStructure

“”的工作表中如何实现化学搜索。

Lipid_Excel



请确认结构列的列标题是“”，否则菜单将不会激活（呈灰色）。

Structuresearch



选择结构列（在中，必须将“”的标题栏也选中，同时还要选择至少一个结构式）。您可以选择一整列也可以选择这

ChemDraw/Excel 11.0Structure

一列的一部分。在这里我们选择一整列。



基本的搜索可以通过选项来完成。打开对话框，如图所示，目前我们采用的是默认的设置

ChemOffice11 > Search > Normal Search Normal Search8

（）。在绘图区（）绘制苯环（也可以在绘制之后粘贴到搜索对话框中）然后单击

Substructures/Include hitsStructure QueryChemDraw

“”。

Search

图 的“”

8. ChemDraw/Excel Normal search

搜索的结果如下图（图）所示：

9



【注意】下图（图）左边的序号并非连续的，序号反映的是搜索出的分子在数据库中的序列。此外在标题行每个标题的右侧出现了一个小箭头，单

9

击小箭头将允许我们对搜索结果分类查看。



【注意】在显示搜索结果时，多出了名为“”的一列，单击其右侧的小箭头，可允许我们查看符合搜索条件的分子（）和不符合搜索条

MATCHTURE

件的分子（）。

FALSE

图 中的搜索结果

9. ChemDraw/Excel



如果不需要将搜索结果单独列出，则在菜单栏选择选项。

ChemOffice11 > Search > Clear Searches

以上进行的搜索，是按照默认设置来搜索的。在最后一部分中，我们将介绍其他的搜索设置。虽然在中的搜索跟或其他

ChemDraw/ExcelChemBioFinder

CambridgeSoftChemDraw

的系列软件不尽相同，但搜索的概念是一致的。而且搜索用的绘制方法是相同的（都使用）。因此详细的化学搜索技巧请参看英文

版底部的视频链接。



默认的“”的搜索方式是亚结构（）搜索，另一种搜索方式是全结构（）搜索，如果上面的例子按这种搜

Normal SearchSubstructuresFull structure

索方式，只有在数据库中有苯的时候才能搜索出来。全结构搜索在搜索可变结构或结构时可能会得到多个结果。

Markush



默认的筛选模式是“”，这表示显示符合搜索条件的分子（即在“”列中值为“”的结果）。另一个筛选类型是“

Include hitsMATCHTRUEExclude

hitsMATCHFALSE

”，表示显示不符合搜索条件的分子（即“”列中值为“”的结果）。



除“”外，也可以通过算法进行相似搜索，搜索的方法与“”相似，不同的是您需要设置相

Normal SearchChemDraw/ExcelTanimotoNormal Search

似度（）。（默认的相似度的值是“大于”。）

similarity percent90%



ChemDraw/Excel SDFChemDraw/Excel

的导入与导出功能，以及其化学搜索功能使得可以作为化学数据管理工具使用。它即可以作为独立的信息库

（如：将作为化学资料库来使用），也可以与数据库或其他数据库结合使用。

ExcelChemBioFinder

原文链接：

/articles/?articleID=712

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