2024年4月10日发(作者：)

Oligo使用方法介绍

作为目前最好、最专业的引物设计软件，Oligo的功能很强，在这里我们介绍它的一

些主要功能：如：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估引物对

质量等等。

在正式进行引物设计前，我们首先面临的一个任务就是向Oligo程序导入模板序列，

根据不同的实验情况，导入模板有三种方法：

1， 直接用键盘输入：

a， 点击file菜单中的New Sequence 浮动命令，或直接点击工具栏中的New

Sequence命令，进入序列展示窗口；

b， 此时即可键入DNA序列；

c， 如果需要的话，Oligo提供碱基回放功能，在边键入时边读出碱基，防止输入错

误。点击Edit菜单中的“Readback on”即可。

2， 利用复制和粘贴：当我们序列已经作为TXT文件存在或其它oligo不能直接open

的文件格式，如word文件.html格式，这个功能就显得很有用了。在相应文件中复制序列

后在序列展示窗口粘贴，oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或粘贴完成后，点击

Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令，即可进入引物设计模式。

3， 如果序列已经保存为Seq格式或者FASTA，GenBank格式时，oligo就可以直

接打开序列文件。

点击File菜单中的“Open”浮动命令，找到所需文件，打开即可。

进入引物设计模式后，oligo一般会弹出三个窗口，分别是6－碱基频率窗口，碱基退

火温度窗口以及序列内部碱基稳定性窗口，其中的退火温度窗口是我们引物设计的主窗口，

其它的两个窗口则在设计过程中起辅助作用，比如6－碱基频率窗口可以使我们很直观地

看到所设计引物在相应物种基因组中的出现频率，如果我们的模板是基因组DNA或混合

DNA时，该信息就显得有用了，而内部稳定性窗口则可以显示引物的5’端稳定性是否稍

高于3’端等。

一，普通引物对的搜索：

以Mouse 4E（cDNA序列）为例。我们的目的是以Mouse 4E（2361 bp）为模板，

设计一对引物来扩增出600－800bp长的PCR产物。

1，点击“Search“菜单中的”For Primers and Probes“命令，进入引物搜索对话

框；

2，由于我们要设计的是一对PCR引物，因此正、负链的复选框都要选上，同时选上

Compatible pairs。

在Oligo默认的状态下，对此引物对的要求有：a，无二聚体；b，3’端高度特异，

GC含量有限定，d，去除错误引发引物等。

3，剩下的工作是确定上、下游引物的位置及PCR产物的长度以及引物设计参数。

①单击：“search Ranges”按钮，弹出“Search Ranges”对话框。输入上游引物